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zhangying09

铜虫 (小有名气)

[交流] 【求助】优化散射区和中间区域的原子 已有4人参与

各位前辈,我想问一下在ATK里怎么优化散射区和中间区域的原子,让他们之间的接触距离更加合理
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zhangying09

铜虫 (小有名气)

做很多点什么意思啊,是不是一步步改变散射区和中间区域的距离,但是最优点的判据是什么呢???还有这事我做的优化文件贴出来大家看看

from ATK.TwoProbe import *
import ATK
ATK.setVerbosityLevel(2)
# Restore old two-probe configuration
vnl_file = VNLFile("carbon6.vnl"
configurations = vnl_file.readAtomicConfigurations()
ini_two_probe_conf = configurations["carbon6"]
# Create parameters for electrodes
electrode_bz = brillouinZoneIntegrationParameters( (5,5,100) )
electrode_occ = eigenstateOccupationParameters(
temperature = 1300*Kelvin
)
electrode_params = ElectrodeParameters(
eigenstate_occupation_parameters = electrode_occ,
brillouin_zone_integration_parameters = electrode_bz
)
# Collect parameters into a two-probe calculation method
two_probe_method=TwoProbeMethod(
electrode_parameters = (electrode_params, electrode_params),
exchange_correlation_type = LDA.PZ
)
# Define parameters for geometry optimization
opt_params = geometricOptimizationParameters(
force_tolerance = 0.05*eV/Ang,
max_steps = 200
)

# Optimize geometry for the two-probe
opt_two_probe_conf = calculateOptimizedAtomicGeometry(
atomic_configuration = ini_two_probe_conf,
method = two_probe_method,
optimization_parameters = opt_params,
)
# Print and export two-probe configuration to a VNL file
print '\n','='*50,'\n Two-probe optimized configuration:\n','='*50
nlPrint(opt_two_probe_conf)
vnl_file = VNLFile("carbon6opt"
vnl_file.addToSample(opt_two_probe_conf, "carbon6opt

但是有一个问题是,我的中间区域在material studio 里已经优化好了,这样再优化不知道是不是合理
8楼2010-06-02 16:47:30
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kaypu

铁杆木虫 (小有名气)



小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
上次我也问这个问题了,没有回复的 同求这个问题 我就是里面的几何限制不知道该如何设置
2楼2010-06-02 07:38:39
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valenhou001

至尊木虫 (职业作家)

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
zzy870720z(金币+2):多谢专家指导 2010-06-02 08:25:27
还没有一个非常合适的方法。

本人曾在此版回答过类似的问题。

另一种方法,将它转换为equlivalent bulk system of a two-probe system,然后采用只有优化c轴的方法来优化结构。
3楼2010-06-02 08:24:25
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zhangying09

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by valenhou001 at 2010-06-02 08:24:25:
还没有一个非常合适的方法。

本人曾在此版回答过类似的问题。

另一种方法,将它转换为equlivalent bulk system of a two-probe system,然后采用只有优化c轴的方法来优化结构。

那怎样在转化到TWO—prob电极系统呢??
还有就是看一篇文章上是用material studio 优化的,我想问一下版主可知道怎么优化呢
4楼2010-06-02 09:02:52
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