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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 【讨论】LAMMPS 在高性能计算机上测试，这样的结果正常吗
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xiaowu787

木虫 (正式写手)

[交流] 【讨论】LAMMPS 在高性能计算机上测试，这样的结果正常吗已有5人参与

CPU利用率太低了？为什么会这样呢？大家分析一下

用25个核时


用全部的核时

http://pic.muchong.com/201006/01/326816_2010601084906.jpg

[ Last edited by xiaowu787 on 2010-6-1 at 08:54 ]
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1楼2010-06-01 08:52:18
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hongyesies

金虫 (正式写手)

红叶
★ ★ ★
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ghcacj(金币+2):谢谢 2010-06-02 10:02:03
不正常，是不是通讯的问题？可以测试一下，先一个节点多CPU并行计算看下CPU利用率，再两三个节点并行，如果CPU利用率下降得很快，有可能是节点间的网线传输太慢，也不排除是程序的某些算法导致数据通讯时出现长时间的等待问题。多测试一下吧。
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2楼2010-06-02 09:09:21
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lili19820118

金虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
我也觉得不正常，而且我用不同cpu个数计算出来结果有差别，不知道是怎么回事
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3楼2010-06-28 20:43:29
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qasd

木虫 (著名写手)
★ ★
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lei0736(金币+1):谢谢 2010-06-29 20:51:46
节点间通讯带宽多少？
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4楼2010-06-29 20:15:41
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xiaowu787

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by qasd at 2010-06-29 20:15:41:
节点间通讯带宽多少？

在集群上，这个我不知道
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5楼2010-06-29 21:07:33
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kehan_1230

铜虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+3):谢谢 2010-06-30 10:37:52
你的集群是单个节点42个核还是好几个节点总共42个核？
我觉得你应该是后一种情况。
如果是多个节点之间并行出现这种情况就不难理解了，因为节点之间的通讯很慢的。个人建议是在单个节点内并行，这样应该就不会出现这种状况了。
个人意见……

[ Last edited by kehan_1230 on 2010-6-30 at 10:17 ]
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6楼2010-06-30 10:16:04
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