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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】openbabel转2D-到-3D太慢了，一个分子大约20秒！
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bbslover

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】openbabel转2D-到-3D太慢了，一个分子大约20秒！ 已有2人参与

openbabel转2D-到-3D太慢了，一个分子大约20秒！

我是用gui界面转的 sdf到mol2，怎么这么慢啊？
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1楼 2010-05-29 00:47:21
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javacfish

金虫 (小有名气)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-05-30 12:44:28
你GUI上是怎么转的，具体截个图看看。。

我用的是命令\babel.exe test.sdf -osdf --gen3D result.sdf，用不了20秒呀
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2楼2010-05-30 12:15:21
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bbslover

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by javacfish at 2010-05-30 12:15:21:
你GUI上是怎么转的，具体截个图看看。。

我用的是命令\babel.exe test.sdf -osdf --gen3D result.sdf，用不了20秒呀



转完读入sybyl有不对的地方。
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3楼2010-05-30 16:23:29
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javacfish

金虫 (小有名气)
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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-05-30 18:32:22
openbabel确实有这样的问题，如果文件不多的话，你可以用chemoffice一个个做即可。

sybyl的concord做，应该不错。。

[ Last edited by javacfish on 2010-5-30 at 16:55 ]
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4楼2010-05-30 16:39:14
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