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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】用水PCR出1K条带
汕头大学海洋科学接受调剂
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elliott2591

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】用水PCR出1K条带 已有4人参与

最近按分子克隆做5‘RACE，结果以cDNA为模板，PCR没有出来条带，反而以水为对照的出来1K条带，求助是什么原因？
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1楼 2010-04-24 11:59:45
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shengwufenzi

金虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★
lstt09nk(金币+2): 2010-04-24 13:09
1949stone(金币+2):谢谢交流 2010-04-24 13:22
elliott2591(金币+1): 2010-04-25 20:21
原因一：对照和目的管弄反了
原因二：对照管污染了且目的管选择体系及程序不合理
原因三：目的管忘记加酶，对照管中出现引物自连。
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2楼2010-04-24 13:05:35
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elliott2591

金虫 (小有名气)

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引用回帖:
Originally posted by shengwufenzi at 2010-04-24 13:05:35:
原因一：对照和目的管弄反了
原因二：对照管污染了且目的管选择体系及程序不合理
原因三：目的管忘记加酶，对照管中出现引物自连。

1、没有弄反，可以确定
2、污染问题：我换了新的primer，dNTP，Taq，水，还是有带，所以污染可能性不大
3、程序不合理：程序不合理？
4、引物自连：可以连出1k条带吗？且加模板的体系没有条带！
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3楼2010-04-24 15:47:26
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yujiaping1

木虫 (著名写手)
elliott2591(金币+1): 2010-04-25 20:21
楼主做的是什么物种的5RACE？如果是菌的污染就常见了
换了新东西，药品应该没有问题了，水就不好说了，有可能是水污染
还有你说引物换了，5RACE，cDNA接头的引物也换了吗？很有可能是这个引物有问题
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4楼2010-04-24 17:08:42
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elliott2591

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by yujiaping1 at 2010-04-24 17:08:42:
楼主做的是什么物种的5RACE？如果是菌的污染就常见了
换了新东西，药品应该没有问题了，水就不好说了，有可能是水污染
还有你说引物换了，5RACE，cDNA接头的引物也换了吗？很有可能是这个引物有问题

我做的是棉花的，水是高压灭菌的，cDNA接头我试了两种，结果都有问题，都有条带，但条带大小不一致。
另外，我设计了5个特异引物，结果，都有条带，只是有条带大小不一致，且非特异，无规律性
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5楼2010-04-24 18:54:24
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sdluqun

铁杆木虫 (著名写手)

板砖队长
elliott2591(金币+1): 2010-04-25 20:21
听BioRad工程师说过 阴性对照出现扩增条带是很常见的
建议换一下水吧
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尔非我焉知我悲喜
6楼2010-04-24 19:04:46
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elliott2591

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by sdluqun at 2010-04-24 19:04:46:
听BioRad工程师说过 阴性对照出现扩增条带是很常见的
建议换一下水吧

谢谢
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7楼2010-04-24 19:18:45
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yujiaping1

木虫 (著名写手)
elliott2591(金币+1): 2010-04-25 20:21
如果水有污染，高压灭菌是无法解决的，这是水质量的问题
做棉花基因组，按常理说不应该是水污染，应该是什么药品中混有棉花的cDNA或者基因组了
引物更换过，还是污染说明引物没有问题，其他的药品也都换过，这就比较奇怪，是不是之前将棉花的基因导入过质粒呢？
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8楼2010-04-24 19:19:24
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elliott2591

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by yujiaping1 at 2010-04-24 19:19:24:
如果水有污染，高压灭菌是无法解决的，这是水质量的问题
做棉花基因组，按常理说不应该是水污染，应该是什么药品中混有棉花的cDNA或者基因组了
引物更换过，还是污染说明引物没有问题，其他的药品也都换过，这就 ...

如果是其他药品中有棉花cDNA污染的话，我是不是可以测序检测一下？
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9楼2010-04-24 20:40:37
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