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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 【求助】M.Dynamix的高手进来一下
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wangdading

铁杆木虫 (著名写手)

[交流] 【求助】M.Dynamix的高手进来一下 已有2人参与

我在用M.Dynamix做碳纳米管和离子液体的模拟，不过发现跑完之后碳纳米管被压缩了，在直径和轴向方向都有不同程度的压缩。并且out文件中有“ !!! BAD BOND LENGTH”的警告。其中的RR值降到了0.9左右。在模拟的input 文件中我已经把碳管 “Fixed”了，那为什么碳管还是会被压缩呢？请高手指点！
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前途是光明的，道路是曲折的。
1楼 2010-04-23 16:23:07
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zyj8119

木虫 (著名写手)
wangdading(金币+1): 2010-04-25 07:44
你是怎么建模的？力场是？
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好好学习，天天向上。
2楼2010-04-23 19:04:42
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wangdading

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by zyj8119 at 2010-04-23 19:04:42:
你是怎么建模的？力场是？

我是用的Amber力场建的离子液体和碳纳米管的体系。就是先用NPT系综先跑一下只有离子液体的体系，然后把碳纳米管扔到里面（主要是要是用别的软件建的体系它老是会在out文件中提到BAD CONFIGURATION），让他自己去跑NPT。然后等密度不再变了就跑NVT系综。发现out文件中出现BAD  LENGTH。
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前途是光明的，道路是曲折的。
3楼2010-04-25 07:50:42
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