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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【讨论】问个集群的问题
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coolrainbow

木虫 (著名写手)

未来国家冻凉

[交流] 【讨论】问个集群的问题 已有4人参与

我用的是我自己搭的集群，跑NAMD，所有软件（从mpich到charm到namd）都是用intel编译器编译的，网络是千兆网，每台机器是8核的，测了下加速比：

节点数   1    2       3      4            ....
CPU数   8    16     24    32
加速比   1    1.8    0.16   0.17    ....

简直惨不忍睹啊，请问有什么方法能提高加速比？还有，从2到3的变化是不是太夸张了，是不是集群有什么缺陷呢？

PS：不要提infintband，没有钱~~~~~
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技术博客：http://hi.baidu.com/coolrainbow/blog
1楼 2010-04-21 20:52:18
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★ ★
coolrainbow(金币+2):多谢建议 2010-04-22 08:34
lei0736(金币+4):谢谢 2010-04-22 09:50
体系太小往往发挥不出并行效果来, 因为大部分的时间将花在任务分配和网络通讯上
推荐是3000+ atom/核心,
你的原子数多少, 可以试试不同原子数木的体系

2到3的确让人想不通, 像是算错小数点似的, 查看一下

前些天, 好像就是昨晚上, 遇到过一个出奇的慢的任务
发现是nfs 的server 负担太重限制了
PC机自己组的, 勉强能用而已, 3，4台机器同时大规模往那上面吞吐
撑到的硬盘的极限
不仅仅是核数和网络, 检查一下其他有没有瓶颈

[ Last edited by bay__gulf on 2010-4-21 at 22:12 ]
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2楼2010-04-21 22:11:35
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zzy870720z

荣誉版主 (文坛精英)

优秀版主优秀版主优秀版主优秀版主
★ ★
lei0736(金币+2):谢谢 2010-04-22 09:50
我们好像也是这种情况，VASP最多并行到3台机器
原子数太小肯定对测试影响很大，最好换个大体系测试
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博学、审问、慎思、明辨、笃学
3楼2010-04-21 23:56:46
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coolrainbow

木虫 (著名写手)

未来国家冻凉
引用回帖:
Originally posted by bay__gulf at 2010-04-21 22:11:35:
体系太小往往发挥不出并行效果来, 因为大部分的时间将花在任务分配和网络通讯上
推荐是3000+ atom/核心,
你的原子数多少, 可以试试不同原子数木的体系

2到3的确让人想不通, 像是算错小数点似的, 查看一下

...

我试验了4000到70000原子体系，加速比都是这个样子（显然不是小数点错了~~），其他瓶颈暂时想不出来
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技术博客：http://hi.baidu.com/coolrainbow/blog
4楼2010-04-22 08:36:49
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superdirac

木虫 (正式写手)
★
lei0736(金币+1):谢谢 2010-04-22 09:50
应该是 从 1,2,4,8,16...这样呈指数形式来测的！
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我认为，酒一口一口喝，路一步一步走~步子迈大了，喀~容易扯着蛋
5楼2010-04-22 09:04:31
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