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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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coolrainbow

木虫 (著名写手)

未来国家冻凉

[交流] 【讨论】问个集群的问题 已有4人参与

我用的是我自己搭的集群,跑NAMD,所有软件(从mpich到charm到namd)都是用intel编译器编译的,网络是千兆网,每台机器是8核的,测了下加速比:

节点数   1    2       3      4            ....
CPU数   8    16     24    32
加速比   1    1.8    0.16   0.17    ....

简直惨不忍睹啊,请问有什么方法能提高加速比?还有,从2到3的变化是不是太夸张了,是不是集群有什么缺陷呢?

PS:不要提infintband,没有钱~~~~~
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州

★ ★ ★ ★
coolrainbow(金币+2):多谢建议 2010-04-22 08:34
lei0736(金币+4):谢谢 2010-04-22 09:50
体系太小往往发挥不出并行效果来, 因为大部分的时间将花在任务分配和网络通讯上
推荐是3000+ atom/核心,
你的原子数多少, 可以试试不同原子数木的体系

2到3的确让人想不通, 像是算错小数点似的, 查看一下

前些天, 好像就是昨晚上, 遇到过一个出奇的慢的任务
发现是nfs 的server 负担太重限制了
PC机自己组的, 勉强能用而已, 3,4台机器同时大规模往那上面吞吐
撑到的硬盘的极限
不仅仅是核数和网络, 检查一下其他有没有瓶颈

[ Last edited by bay__gulf on 2010-4-21 at 22:12 ]
2楼2010-04-21 22:11:35
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zzy870720z

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★ ★
lei0736(金币+2):谢谢 2010-04-22 09:50
我们好像也是这种情况,VASP最多并行到3台机器
原子数太小肯定对测试影响很大,最好换个大体系测试
博学、审问、慎思、明辨、笃学
3楼2010-04-21 23:56:46
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coolrainbow

木虫 (著名写手)

未来国家冻凉

引用回帖:
Originally posted by bay__gulf at 2010-04-21 22:11:35:
体系太小往往发挥不出并行效果来, 因为大部分的时间将花在任务分配和网络通讯上
推荐是3000+ atom/核心,
你的原子数多少, 可以试试不同原子数木的体系

2到3的确让人想不通, 像是算错小数点似的, 查看一下

...

我试验了4000到70000原子体系,加速比都是这个样子(显然不是小数点错了~~),其他瓶颈暂时想不出来
技术博客:http://hi.baidu.com/coolrainbow/blog
4楼2010-04-22 08:36:49
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superdirac

木虫 (正式写手)


lei0736(金币+1):谢谢 2010-04-22 09:50
应该是 从 1,2,4,8,16...这样呈指数形式来测的!
我认为,酒一口一口喝,路一步一步走~步子迈大了,喀~容易扯着蛋
5楼2010-04-22 09:04:31
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