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coolrainbow木虫 (著名写手)
未来国家冻凉
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[交流]
【讨论】问个集群的问题已有4人参与
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我用的是我自己搭的集群，跑NAMD，所有软件（从mpich到charm到namd）都是用intel编译器编译的，网络是千兆网，每台机器是8核的，测了下加速比： 节点数 1 2 3 4 .... CPU数 8 16 24 32 加速比 1 1.8 0.16 0.17 .... 简直惨不忍睹啊，请问有什么方法能提高加速比？还有，从2到3的变化是不是太夸张了，是不是集群有什么缺陷呢？ PS：不要提infintband，没有钱~~~~~ |
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bay__gulf
金虫 (著名写手)
刘苏州
- 模拟EPI: 8
- 应助: 9 (幼儿园)
- 贵宾: 4.85
- 金币: 2332.8
- 红花: 1
- 帖子: 1344
- 在线: 271小时
- 虫号: 592012
- 注册: 2008-09-03
- 专业: 理论和计算化学
- 管辖: 分子模拟
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coolrainbow(金币+2):多谢建议 2010-04-22 08:34
lei0736(金币+4):谢谢 2010-04-22 09:50
coolrainbow(金币+2):多谢建议 2010-04-22 08:34
lei0736(金币+4):谢谢 2010-04-22 09:50
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体系太小往往发挥不出并行效果来, 因为大部分的时间将花在任务分配和网络通讯上 推荐是3000+ atom/核心, 你的原子数多少, 可以试试不同原子数木的体系 2到3的确让人想不通, 像是算错小数点似的, 查看一下 前些天, 好像就是昨晚上, 遇到过一个出奇的慢的任务 发现是nfs 的server 负担太重限制了 PC机自己组的, 勉强能用而已, 3，4台机器同时大规模往那上面吞吐 撑到的硬盘的极限 不仅仅是核数和网络, 检查一下其他有没有瓶颈 [ Last edited by bay__gulf on 2010-4-21 at 22:12 ] |
2楼2010-04-21 22:11:35