应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Siesta&Smeagol&Atk » 【求助】siesta3.0并行成功安装后不能并行的问题
81/1返回列表
查看: 1449  |  回复: 15
查看全部回帖@他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

雁儿霏霏

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】siesta3.0并行成功安装后不能并行的问题已有3人参与

感谢zhangguangping和诸位虫友的帮助，siesta并行版已经安装完毕，在双核工作站上安装，但在并行时却发生下列问题：

[shang@node2 ChemicalPotential]$ /home/shang/mpich-1.2.7p1/bin/mpirun -np 2 siesta h2o_4.out
connect to address 192.168.0.2: Connection refused
Trying krb4 rsh...
connect to address 192.168.0.2: Connection refused
trying normal rsh (/usr/bin/rsh)
node2: Connection refused
forrtl: error (69): process interrupted (SIGINT)


请问这一问题应该如何解决？siesta单核计算没问题
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
我美丽我漂亮我是青岛嫚！
1楼2010-04-20 10:00:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhangguangping

木虫 (著名写手)
★
xiaohunhun(金币+1):xiexie 2010-04-20 11:55
雁儿霏霏(金币+4):感谢 2010-04-20 15:32
引用回帖:
Originally posted by 雁儿霏霏 at 2010-04-20 03:00:17:
感谢zhangguangping和诸位虫友的帮助，siesta并行版已经安装完毕，在双核工作站上安装，但在并行时却发生下列问题：

[shang@node2 ChemicalPotential]$ /home/shang/mpich-1.2.7p1/bin/mpirun -np 2 siesta &l ...

你生成了免SSH登录的密码了吗？
还有就是你的mpich去测试过了吗？去example下面的test， make一下，然后做一下测试看看mpich能不能正常并行（mpirun -np 2 cpi ）！
祝好运！
赞一下(1人) 回复此楼
弘德明志博学笃行
3楼2010-04-20 11:05:30
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhangguangping

木虫 (著名写手)
★
xiaohunhun(金币+1):xiexie 2010-04-20 11:56
引用回帖:
Originally posted by hchfox at 2010-04-20 03:57:13:
"connect to address 192.168.0.2: Connection refused"....看看节点之间配置好了没。。。


他现在看样子是在一个节点上算吧！这个节点总共就两个核！
赞一下(1人) 回复此楼
弘德明志博学笃行
4楼2010-04-20 11:07:40
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhangguangping

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zzy870720z(金币+2):谢谢指点 2010-07-13 15:23:09
引用回帖:
Originally posted by 雁儿霏霏 at 2010-07-13 02:42:43:


对于单节点双核，按照你所说的$ ssh-keygen -t rsa -P ''
产生id_rsa 和id_rsa.pub
然后
$cp id_rsa.pub authorized_keys
$chmod 500 *

执行
$ /home/shang/mpich-1.2.7p1/bin/mpirun -np 2 siesta & ...

这个时候你还差一步。ssh 192.168.0.2 ,这个时候出现一个提示，输入yes,等一会儿就可以了。然后在运行一遍ssh 192.168.0.2，这个时候应该出现Last login: Thu Jul  3 09:53:18 2008 from shang的提示，别的就没有任何提示了，这说明正常了。就可以计算了。祝好运！
赞一下(2人) 回复此楼
弘德明志博学笃行
6楼2010-07-13 13:57:21
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhangguangping

木虫 (著名写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
hedaors(金币+1):谢谢回复！ 2010-07-14 17:09:43
引用回帖:
Originally posted by 雁儿霏霏 at 2010-07-14 07:43:45:
连续运行多次ssh 192.168.0.2仍然是这样，有点郁闷

那就把免密码登录的过程重复来一次。可能中间出问题了。这样生成的是节点内部并行的。不是跨节点并行的。
赞一下(2人) 回复此楼
弘德明志博学笃行
10楼2010-07-14 17:04:41
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhangguangping

木虫 (著名写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zzy870720z(金币+1):谢谢提示 2010-07-15 19:17:37
引用回帖:
Originally posted by 雁儿霏霏 at 2010-07-14 07:42:50:



按照你的方法操作后ssh 192.168.0.2，并没有出现提示，直接出现Last login:  Jul  14 09:53:18 2008，接着并行siesta还是
connect to address 192.168.0.2: Connection refused
Trying krb4 rsh...
conn ...

没有这么复杂吧，你用mpich-1.2.7应该挺好用的。
-prefix=/home/zgp/software/mpich-1.2.7 -fc=ifort -f90=ifort –f77=ifort -rsh=ssh这个是我用ifort编译mpich的时候用的参数。后面的rsh=ssh这个是不是你编译的时候没有加这个啊？
赞一下(2人) 回复此楼
弘德明志博学笃行
11楼2010-07-15 10:44:26
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhangguangping

木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by 雁儿霏霏 at 2010-07-15 07:24:31:



似乎没有加rsh=ssh，机房开了门我去看看，谢谢！

你们安装软件需要到机房去安装吗？不能远程安装啊！
赞一下(1人) 回复此楼
弘德明志博学笃行
14楼2010-07-15 15:47:28
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhangguangping

木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lvjian8596(金币+3):感谢交流！ 2010-07-20 21:11:07
引用回帖:
Originally posted by 雁儿霏霏 at 2010-07-20 10:55:09:


机房没有网线，不能远程，现在我执行
/home/bin/mpiexec -np 2 ./siesta h2o.defaultcell.out
No species found!!!
ERROR STOP from Node:    0
[0] MPI Abort by user Abor ...

No species found这说明你没有定义元素，或者相应元素的赝势文件你没有放在计算目录里面。
赞一下(2人) 回复此楼
弘德明志博学笃行
16楼2010-07-20 18:06:07
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 雁儿霏霏 的主题更新
81/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复(可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭