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空壳

金虫 (小有名气)


[交流] 【求助】关于mini.positions请教.... 已有3人参与

我想进行一个min. positions优化。
在优化之前我先对体系跑了SCF达到了 CC收敛。
然后我想对这个体系某原子的Z轴位置优化 应该如何修改
case.inM文件?
例如case.inM默认生成如下
PORT 2.00 0.35      # PORT/NEWT;  tolf, Initial Trust Radius
0.0 0.0 1.0 1.0   #Atom    1 Generated by pairhess
0.0 0.0 1.0 1.0   #Atom    2 Generated by pairhess

如果我想优化的是 atom1 的z轴位置,而atom2不进行任何操作,我如下的修改对吗
PORT 2.00 0.35      # PORT/NEWT;  tolf, Initial Trust Radius
0.0 0.0 1.0 1.0   #Atom    1 Generated by pairhess
0.0 0.0 0.0 1.0   #Atom    2 Generated by pairhess

我略看了下UG,大意可能是line2和line3 的前三个数是笛卡尔坐标系的三个轴,不知道我这样改对不对,如果按照我的要求是否应该把line3的第4个1.0也改成0.0
请学长们指点下,(对于第4个值理解不够请赐教)还有关于其他的参数我需要进行改动吗?比如.minpair和生成.minpair的输入文件case.inpair 是否需要改动 和改动时应该注意的地方。请大家不吝赐教。
感谢!!!
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空壳

金虫 (小有名气)


也可能我思路错了 请纠正下。麻烦大家指点啊
2楼2010-04-19 17:36:52
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空壳

金虫 (小有名气)


请教...
3楼2010-04-20 07:50:59
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babaleo

木虫 (正式写手)


空壳(金币+1):这个已经看过了,谢谢讲解。 2010-04-20 12:18
gavinliu7390(金币+1):谢谢交流! 2010-04-20 12:22
选用PORT时, 每一行里前三位数可理解为控制x,y,z优化时步长的系数, 0值不优化. 第四位数设置为1即可,主要用于调节Hessian matrix,在PORT时影响不大.
这里有一个很好的阅读材料,
http://www.wien2k.at/reg_user/textbooks/Optimization-Notes.pdf
4楼2010-04-20 11:53:46
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空壳

金虫 (小有名气)


引用回帖:
Originally posted by babaleo at 2010-04-20 11:53:46:
选用PORT时, 每一行里前三位数可理解为控制x,y,z优化时步长的系数, 0值不优化. 第四位数设置为1即可,主要用于调节Hessian matrix,在PORT时影响不大.
这里有一个很好的阅读材料,
[url]http://www.wien2k.at/reg ...

能说下tolf吗,我听一个学姐说有几个文章的tolf取了0.025ev/A
5楼2010-04-20 13:25:02
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空壳

金虫 (小有名气)


继续等指点
6楼2010-04-21 09:04:44
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babaleo

木虫 (正式写手)


gavinliu7390(金币+1):谢谢交流! 2010-04-21 13:53
空壳(金币+1):谢谢,对于这个换算一直很迷糊 谢谢解答,请问这个选取有标准吗? 2010-04-21 15:12
引用回帖:
Originally posted by 空壳 at 2010-04-20 13:25:02:

能说下tolf吗,我听一个学姐说有几个文章的tolf取了0.025ev/A

Tolerance of Force, WIEN2k里优化force 的单位是 mRy/bohr, 如果换算成ev/A 的话,1 mRy/bohr应该很接近 0.025ev/A.
7楼2010-04-21 13:24:55
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zqf115

木虫 (小有名气)

空壳(金币+1):呵呵 问了我也想问的,一起等解答 2010-04-21 15:12
Tolerance Force的值选取有没有什么标准?
8楼2010-04-21 14:45:48
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babaleo

木虫 (正式写手)

★ ★
空壳(金币+5):谢谢 原来是这样的想的。十分感谢!!!我先默认算下 然后再改提高精度算。。 2010-04-22 08:50
qli0218(金币+2):谢谢 2010-04-22 09:09
我个人认为和你的精度要求,收敛性以及计算量有关。WIEN2k里“min "缺省收敛值是1,优化运行完后,实际atom force可能会比1远远要小(有时有的人在文章里引用实际atom force)。一般能量有关计算,我都先用缺省值1mRy/Bohr, 如果不满意, 再或降至0。5 甚至-0。1。按Material Studio/CASTEP 里的却省值, 0.01 eV/A 属于Ultra-Fine,   0.03eV/A 属于Fine ,0.05eV/A 属于Medium , 0.1eV/A属于Coarse.
建议参考已发表文献里有关类似材料和问题的引用值。
9楼2010-04-22 00:51:10
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空壳

金虫 (小有名气)


为什么我优化的时候 原子1离原子2越来越远呢。一点往下变化的趋势都没有。。
10楼2010-04-22 15:27:04
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