| 查看: 952 | 回复: 9 | |||
[交流]
【求助】关于mini.positions请教.... 已有3人参与
|
|
我想进行一个min. positions优化。 在优化之前我先对体系跑了SCF达到了 CC收敛。 然后我想对这个体系某原子的Z轴位置优化 应该如何修改 case.inM文件？ 例如case.inM默认生成如下 PORT 2.00 0.35 # PORT/NEWT; tolf, Initial Trust Radius 0.0 0.0 1.0 1.0 #Atom 1 Generated by pairhess 0.0 0.0 1.0 1.0 #Atom 2 Generated by pairhess 如果我想优化的是 atom1 的z轴位置，而atom2不进行任何操作，我如下的修改对吗 PORT 2.00 0.35 # PORT/NEWT; tolf, Initial Trust Radius 0.0 0.0 1.0 1.0 #Atom 1 Generated by pairhess 0.0 0.0 0.0 1.0 #Atom 2 Generated by pairhess 我略看了下UG，大意可能是line2和line3 的前三个数是笛卡尔坐标系的三个轴，不知道我这样改对不对，如果按照我的要求是否应该把line3的第4个1.0也改成0.0 请学长们指点下，（对于第4个值理解不够请赐教）还有关于其他的参数我需要进行改动吗？比如.minpair和生成.minpair的输入文件case.inpair 是否需要改动 和改动时应该注意的地方。请大家不吝赐教。 感谢！！！ |
回复此楼» 猜你喜欢
化学专业申博
已经有4人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.5.5.1.O.5.4,科目齐全,可+急
已经有3人回复
-
评审有感
已经有27人回复
-
论文撤稿了
已经有7人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.5.5.1.O.5.4,科目齐全,可+急
已经有4人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.5.5.1.O.5.4,科目齐全,可+急
已经有3人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.5.5.1.O.5.4,科目齐全,可+急
已经有3人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.5.5.1.O.5.4,科目齐全,可+急
已经有5人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.5.5.1.O.5.4,科目齐全,可+急
已经有4人回复
-
河北省自然科学基金
已经有9人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 关于863经费预算的请教
已经有9人回复
- 【求助】关于药物合成和微生物与生化药学如何选择的问题，想向有经验的各位请教
已经有27人回复
- 关于水性环氧、酸酐开环的问题~~~请教各位大侠
已经有9人回复
- 请教关于CO2-TPD的几个问题
已经有8人回复
- 请教关于PAUP软件的界面问题，谢谢了！
已经有6人回复
- 虚心请教关于平—粘末端的连接问题
已经有18人回复
- 请教关于本机的Dmol计算问题——望高手指点
已经有6人回复
- 关于期刊 投稿 评职称 请教高手指点
已经有10人回复
- 关于过柱子气泡的问题，请教前辈们
已经有17人回复
- 请教几个关于透析袋使用的问题
已经有8人回复
- 关于复合材料请教一下？。。。大虾帮忙啊，付钱还不行吗$_$
已经有9人回复
- 请教各位一个关于EDC/NHS偶联的问题
已经有23人回复
- 请教关于不饱和聚酯树脂的一个问题
已经有12人回复
- 关于第二批问题 想请教下大家
已经有8人回复
- 请教关于脑组织发育过程的问题
已经有4人回复
- 请教一下关于公派出国留学攻读博士研究生
已经有4人回复
- 请教关于中国物理B的投稿问题
已经有11人回复
- 请教一个关于TSP的问题
已经有3人回复
2楼2010-04-19 17:36:52
3楼2010-04-20 07:50:59
babaleo
木虫 (正式写手)
- 应助: 18 (小学生)
- 金币: 2391.1
- 散金: 40
- 红花: 1
- 帖子: 375
- 在线: 477.1小时
- 虫号: 981394
- 注册: 2010-03-25
- 专业: 人工晶体
★
空壳(金币+1):这个已经看过了，谢谢讲解。 2010-04-20 12:18
gavinliu7390(金币+1):谢谢交流！ 2010-04-20 12:22
空壳(金币+1):这个已经看过了，谢谢讲解。 2010-04-20 12:18
gavinliu7390(金币+1):谢谢交流！ 2010-04-20 12:22
|
选用PORT时, 每一行里前三位数可理解为控制x,y,z优化时步长的系数, 0值不优化. 第四位数设置为1即可,主要用于调节Hessian matrix,在PORT时影响不大. 这里有一个很好的阅读材料, http://www.wien2k.at/reg_user/textbooks/Optimization-Notes.pdf |
4楼2010-04-20 11:53:46
5楼2010-04-20 13:25:02
6楼2010-04-21 09:04:44
babaleo
木虫 (正式写手)
- 应助: 18 (小学生)
- 金币: 2391.1
- 散金: 40
- 红花: 1
- 帖子: 375
- 在线: 477.1小时
- 虫号: 981394
- 注册: 2010-03-25
- 专业: 人工晶体
7楼2010-04-21 13:24:55
8楼2010-04-21 14:45:48
babaleo
木虫 (正式写手)
- 应助: 18 (小学生)
- 金币: 2391.1
- 散金: 40
- 红花: 1
- 帖子: 375
- 在线: 477.1小时
- 虫号: 981394
- 注册: 2010-03-25
- 专业: 人工晶体
★ ★
空壳(金币+5):谢谢 原来是这样的想的。十分感谢！！！我先默认算下 然后再改提高精度算。。 2010-04-22 08:50
qli0218(金币+2):谢谢 2010-04-22 09:09
空壳(金币+5):谢谢 原来是这样的想的。十分感谢！！！我先默认算下 然后再改提高精度算。。 2010-04-22 08:50
qli0218(金币+2):谢谢 2010-04-22 09:09
|
我个人认为和你的精度要求，收敛性以及计算量有关。WIEN2k里“min "缺省收敛值是1，优化运行完后，实际atom force可能会比1远远要小（有时有的人在文章里引用实际atom force）。一般能量有关计算，我都先用缺省值1mRy/Bohr， 如果不满意， 再或降至0。5 甚至-0。1。按Material Studio/CASTEP 里的却省值， 0.01 eV/A 属于Ultra-Fine, 0.03eV/A 属于Fine ，0.05eV/A 属于Medium ， 0.1eV/A属于Coarse. 建议参考已发表文献里有关类似材料和问题的引用值。 |
9楼2010-04-22 00:51:10
10楼2010-04-22 15:27:04
10