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hanjun80

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助/交流】请教关于大肠杆菌lamda RED重组问题已有17人参与

最近用lamda RED重组敲除大肠杆菌乳酸脱氢酶基因。可是一直出问题,分析不出来问题出在哪里,所以向各位大侠请教。以下是我的实验方法:

1、用带有45bp同源臂的引物,PCR扩增卡那霉素或氯霉素基因;
2、用切胶回收的方法纯化PCR产物,100微升PCR产物最终浓缩为50微升;
3、含有PKD46质粒的E. coli W1485菌株(K-12菌株变种)在LB中培养,OD=0.2时加入L-Ara诱导酶们表达,OD在0.5左右用CaCl2制作感受态;
4、化学转化,而后涂卡那霉素(40ppm)平板;
5、一天后长出几十个菌落(据说RED重组效率很低,只能长出几个菌落来,偶为什么会长这么多?),每个菌落,接到两个平板上,其中一个带氨苄青霉素和卡那霉素抗性,另外一个只有卡那霉素抗性;挑出只在卡那霉素平板上生长的菌株,扩大培养(加了卡那霉素的液体LB培养基);
6、扩大培养的菌提取基因组DNA(电泳的时候没有发现质粒的条带),用PCR扩增卡那霉素抗性基因,扩增不出来……

为什么出现6这个现象?做了好几组,总是不成功,菌种从W1485换成BL21也不行……
为什么会有这些假阳性?
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我笃信:人定胜天!
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zhangjingfei01

木虫 (正式写手)


hanjun80(金币+1):谢谢参与
hanjun80(金币+2):多谢仁兄!PKD46辅助质粒的大肠杆菌(2000年的PNAS上面发表)同源片段不用那么长,35~60bp即可 2010-04-12 13:12
1、首先,增加同源臂的长度,我做时上下游同源臂一般为300-500bp;
2、用电转的方式进行,可以适当提高打靶片段的浓度;
7楼2010-04-12 11:17:47
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zhangjingfei01

木虫 (正式写手)

hanjun80(金币+2):可惜的是,偶没有这个质粒呀,能交换么? 2010-04-12 16:12
pkobeg质粒,比那个pKD46好一些。
9楼2010-04-12 14:04:47
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