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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】测序结果分析
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wbfree

铜虫 (初入文坛)

[交流] 【求助/交流】测序结果分析

连接转化之后提质粒ＤＮＡ，然后酶切效果都挺好的，测序结果都是有一段序列和载体序列是一致的，另外的一段与载体、目标片段均不一致。（均测一个反应）请分析一下这是什么原因造成的？是没有连上呢，还是测序过程中的问题？谢谢
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1楼 2010-03-31 14:59:27
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yujiaping1

木虫 (著名写手)
★ ★
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amisking(金币+1): 2010-03-31 20:45
就是说你连上的不是目标片段，你连进去的片段应该是PCR扩增的吧，那么你现在的测序结果，有你的PCR引物吗?
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2楼2010-03-31 15:10:04
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dfl204

铁杆木虫 (著名写手)
★
amisking(金币+1): 2010-03-31 20:45
可以用载体上的引物加上你目的序列的引物扩增以后再次确认后送出去测序。
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3楼2010-03-31 20:21:40
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wbfree

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by yujiaping1 at 2010-03-31 15:10:04:
就是说你连上的不是目标片段，你连进去的片段应该是PCR扩增的吧，那么你现在的测序结果，有你的PCR引物吗?

我就是用回收的PCR扩增的片段连上的，测序结果没有PCR引物，
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4楼2010-04-01 09:00:33
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yujiaping1

木虫 (著名写手)
★
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是完全找不到引物，还是引物序列存在不同的碱基，你要用你的引物去BLAST，而不是直接搜索
如果就是找不到引物，那说明你扩增出来的片段看起来和目标片段的大小一致，但实际上就不是目标片段，当然也有可能是克隆的问题，可以再做一次，重新测序一下看看和前一次的结果是不是一样，如果还是这样的结果，只能重新设计引物
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5楼2010-04-01 11:02:11
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wbfree

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by yujiaping1 at 2010-04-01 11:02:11:
是完全找不到引物，还是引物序列存在不同的碱基，你要用你的引物去BLAST，而不是直接搜索
如果就是找不到引物，那说明你扩增出来的片段看起来和目标片段的大小一致，但实际上就不是目标片段，当然也有可能是克隆 ...

就算扩增出来的不是目标片段，那引物应该有的啊，没引物怎么扩出来的片段？
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6楼2010-04-01 14:43:56
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siben

铜虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
我之前也有这种情况，初步认为可能是没连上我自己要得，后又重新做过一次，再拿载体引物测序，回来发现一致了~~~~
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最近很困惑！
7楼2010-04-01 21:19:28
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