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bluesky6636

新虫 (初入文坛)

[交流] 【求助/交流】PCR引物求助已有1人参与

我想请大家帮我看看:
我有一条序列,送到生物公司去,以其中的ORF(465bp)设计一对引物,第一次等到的引物对应的产物长度为643bp,大大超出了ORF的长度。
所以,我担心可能是设计有误,故有重新发了一次,结果对应产物长度为543bp。
这让我很搞不懂,我第三次又发了一次当初的序列,第三的结果:对应产物长度为351bp。
所以我现在不明白了,到底这三对引物能否采用,如果采用了应该用那一对引物。
谢谢了~!
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hui_student

银虫 (小有名气)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
毫无顾虑,这样的引物根本不能用,连目的基因的长度都不能保证,你PCR出来的产物你能用么?
最好自己设计,primer5,挺简单。原核的ORF引物最好设计了,加上酶切位点和保护性碱基就OK。真核的比较复杂了,可以参考论坛里其他高手的见解。
引物设计有很多原则和要求的,既然要做这方面的研究,最好还是自己熟悉下吧!祝好运
一路前行!
2楼2010-03-30 15:31:23
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1110rainjob

铜虫 (小有名气)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
建议你问问生物公司设计引物的人,怎么会出现这种状况。同时,你可以将你的引物序列与你的目的基因序列比对一下,看引物的位置在哪里。
另外,PCR的模板是基因组,还是质粒?你设计依据的模板是否为cDNA。你扩增获得的片段比你预期的目的基因大,是否因为编码序列内部存在内含子序列。
3楼2010-03-30 16:00:15
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liby

铜虫 (初入文坛)

绝对不能使,问下他们为什么出现这种状况,换个公司
4楼2010-03-30 16:10:35
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bluesky6636

新虫 (初入文坛)

那个生物公司就是上海生工,现在好像就这家给免费设计引物的。
打电话去上海生工投诉,负责接待的经理说属正常现象,相差几千bp都有可能。真是无语了~!像生工这样的公司居然这样
我自己用DNAman试过,引物要加入酶切位点,自己设计时不能把自己想要的酶切位点加入进去。加进去就显示无此对应的引物。
5楼2010-04-03 23:04:46
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