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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】PCR引物求助
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bluesky6636

新虫 (初入文坛)

[交流] 【求助/交流】PCR引物求助 已有1人参与

我想请大家帮我看看：
我有一条序列，送到生物公司去，以其中的ORF（465bp）设计一对引物，第一次等到的引物对应的产物长度为643bp，大大超出了ORF的长度。
所以，我担心可能是设计有误，故有重新发了一次，结果对应产物长度为543bp。
这让我很搞不懂，我第三次又发了一次当初的序列，第三的结果：对应产物长度为351bp。
所以我现在不明白了，到底这三对引物能否采用，如果采用了应该用那一对引物。
谢谢了~！
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1楼 2010-03-28 23:52:59
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1110rainjob

铜虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
建议你问问生物公司设计引物的人，怎么会出现这种状况。同时，你可以将你的引物序列与你的目的基因序列比对一下，看引物的位置在哪里。
另外，PCR的模板是基因组，还是质粒？你设计依据的模板是否为cDNA。你扩增获得的片段比你预期的目的基因大，是否因为编码序列内部存在内含子序列。
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3楼2010-03-30 16:00:15
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hui_student

银虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
毫无顾虑，这样的引物根本不能用，连目的基因的长度都不能保证，你PCR出来的产物你能用么？
最好自己设计，primer5，挺简单。原核的ORF引物最好设计了，加上酶切位点和保护性碱基就OK。真核的比较复杂了，可以参考论坛里其他高手的见解。
引物设计有很多原则和要求的，既然要做这方面的研究，最好还是自己熟悉下吧！祝好运
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一路前行！
2楼2010-03-30 15:31:23
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liby

铜虫 (初入文坛)
绝对不能使，问下他们为什么出现这种状况，换个公司
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4楼2010-03-30 16:10:35
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bluesky6636

新虫 (初入文坛)
那个生物公司就是上海生工，现在好像就这家给免费设计引物的。
打电话去上海生工投诉，负责接待的经理说属正常现象，相差几千bp都有可能。真是无语了~！像生工这样的公司居然这样
我自己用DNAman试过，引物要加入酶切位点，自己设计时不能把自己想要的酶切位点加入进去。加进去就显示无此对应的引物。
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5楼2010-04-03 23:04:46
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