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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】如何知道ITS序列区段
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zhy2219

银虫 (正式写手)

[交流] 【求助/交流】如何知道ITS序列区段

我向genbank提交了序列，但是回信说


Please find your assigned Accession Number(s) in the letter below.

Please provide us with the nucleotide spans of the following:

    - ribosomal RNA
    - internal transcribed spacer

in a tab-delimited feature table:

>Feature gb|GUxxxxxx|
<1    100    rRNA
            product    18S ribosomal RNA
101    200    misc_RNA
            product    internal transcribed spacer 1
201    300    rRNA
            product    5.8S ribosomal RNA
301    400    misc_RNA
            product    internal transcribed spacer 2
401    >500    rRNA
            product    28S ribosomal RNA

If you do not know the exact nucleotide spans, please verify which
of the above components exist in each of your sequences.

Send this information to:  gb-admin@ncbi.nlm.nih.gov

Thank you and we look forward to hearing from you soon.

Please reply using the original subject line.
This will allow for faster processing of your correspondence.




Sample Text请问，我该怎么做，，，如何知道序列区段是什么呢
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1楼 2010-03-19 15:19:32
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zhy2219

银虫 (正式写手)
都不懂吗
回复此楼
2楼2010-03-19 18:13:25
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zhy2219

银虫 (正式写手)
自己顶
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3楼2010-03-19 18:23:31
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long5lizi

新虫 (初入文坛)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
amisking(金币+2): 2010-03-19 21:09
他大概是问你的ITS是哪段？18SrDNA?5.8SrDNA?28SrDNA?5SrDNA?
赞一下(2人) 回复此楼
4楼2010-03-19 20:51:19
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long5lizi

新虫 (初入文坛)
他大概是问你的ITS是哪段？18SrDNA?5.8SrDNA?28SrDNA?5SrDNA?
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5楼2010-03-19 20:51:45
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guixiaohua

禁虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
本帖内容被屏蔽
6楼2010-03-19 21:57:41
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段家一凡

木虫 (正式写手)
Blast一下就知道了，别人的都已经标出来了18，5.8.28s的位置，你就依葫芦画瓢就可以了。
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7楼2010-03-20 00:44:46
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冼亮淀粉酶

专家顾问 (知名作家)

生物大分子降解酶
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
值得注意的是，别人的区分结果不一定正确，因为实验是人做出来的，各人使用的实验方法不同，判断的精准度不同，所以已提交的数据可信度不同，但是这些都是很难查得到的。我曾经用自己的一条序列比对，按照得分从高到低的顺序，选用24条比对上的标明了区间的序列与我的序列进行比较，结果出来的结果有好几种，所以就给genbank回信说依照本实验室现有条件和网上搜索得到的数据不能精确界定各个区间。

所以楼主掂量一下自己的方法能不能精确界定，也请认真对待，不然genbank上又多一条会误导他人（在区间界定方面）的序列了。
赞一下(1人) 回复此楼
流星来时我许了个愿，愿我有吃有喝还有舒服的猪圈。讨厌发帖前不搜索论坛重复发帖和仅把论坛当解决问题工具，久不看论坛一来就提问者，宁弃EPI和VIP也不回帖。
8楼2010-03-20 10:14:39
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冼亮淀粉酶

专家顾问 (知名作家)

生物大分子降解酶
记错了，刚才打开那个word文档，发现是与16条序列进行比较，不是24条。
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流星来时我许了个愿，愿我有吃有喝还有舒服的猪圈。讨厌发帖前不搜索论坛重复发帖和仅把论坛当解决问题工具，久不看论坛一来就提问者，宁弃EPI和VIP也不回帖。
9楼2010-03-20 10:18:55
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zhy2219

银虫 (正式写手)
非常感谢大家
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10楼2010-03-22 15:44:07
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