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准博士

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助/交流】到底问题出在哪?

最近开始做一个关键酶的基因,本来16s rDNA鉴定出来与一个菌的同源性有98%
,并且我们的目的产物是同一个家族的高分子多糖。我就用的那个已经菌的已经酶的基因设计的引物,想直接钓基因。可是,重复了几次实验,特异性都不强,条带很多,目的条带很淡,甚至没有,也调整了模板的浓度,引物的浓度,还有退火温度,还是不行啊,急啊,等着毕业。
想请教大家:
(1)同源性98%的菌可不可以这样设计引物,我之前也用过简并引物的方法,但是没有扩到过想要的东西,那个实验做了半年,没有出来想要的片段
(2)这个学期刚刚开始,菌种鉴定,然后设计基因,怎么还是扩不出东西来?
(3)一个很简单的最基本的分子实验,怎么到我这就这么难啊?
  难道是我的基因组的问题?还是其它的原因,我真是无语了。请高人指点
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yujiaping1

木虫 (著名写手)

准博士(金币+1): 2010-03-15 22:30
准博士(金币+1): 2010-03-15 22:31
同源性98%,肯定没有必要设计简并引物了,如果一对引物扩增不出来,我觉得可以再设计一对试试,同时,可以将引物组合起来,跑巢式PCR,可以增加特异性,一般巢式PCR出来的可能性非常大
2楼2010-03-12 17:06:08
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mxbeaver

木虫 (著名写手)

浪滔滔~人渺渺~

准博士(金币+2): 2010-03-15 22:30
16s rDNA的同源性98%,并不算高。同一个属的菌99%或100%都有。
“目的产物是同一个家族的高分子多糖”是菌所产的酶的产物?即使作用底物和产物一样,酶也有可能是不同的两个酶
3楼2010-03-13 10:35:02
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xhy0016

金虫 (小有名气)

准博士(金币+2): 2010-03-15 22:30
我觉得同源性是很高,但是基因都是有特异性的,引物同样如此。如果这个引物对其他的非目的基因的特异性更强,那么,你就不可能得到足够的目的基因。建议你还是去再设计一个引物,毕竟快毕业了嘛。祝你顺利毕业!
4楼2010-03-14 14:19:06
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love_st

金虫 (著名写手)


准博士(金币+1): 2010-03-15 22:30
是不是你的引物错配的比较严重?
5楼2010-03-14 14:59:33
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biodadiao

铜虫 (小有名气)

准博士(金币+1): 2010-03-15 22:30
菌属相近的,基因并不一定类似,所以PCR产物没有是正常的,建议不要继续批下去了,采用基因文库法来做可能能得到结果,就是工作量较大些。
6楼2010-03-15 16:35:13
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