应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 【求助】虫友们，我想模拟一个肽链的三维结构，如何实现呀，急盼回复。
141/2返回列表12下一页
查看: 1152  |  回复: 13
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前主题已经存档。

abaiwoaini

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】虫友们，我想模拟一个肽链的三维结构，如何实现呀，急盼回复。

虫友们，我想模拟一个肽链（十几个氨基酸组成）的三维结构，如何实现呀。

用什么软件，有免费的吗，从没接触过CADD的我能搞定不？希望专业的虫友多多指教！谢谢！
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2010-03-01 00:46:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+4):谢谢 2010-03-01 11:10
针对不同的蛋白结构,有不同的模拟方法,大致可以按照如下思路
如果有类似的天然蛋白结构,可以用同源建模的方法
如果没有,但分子较小时候,可以用动力学模拟和从头计算方法

你的体系用第二种不错, 软件可以使用gmx 或namd
具体方法参考 http://www.ks.uiuc.edu/Research/folding/
赞一下(2人) 回复此楼
2楼2010-03-01 09:29:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

abaiwoaini

银虫 (小有名气)
谢谢回复，这个连接打不开呀。

有没有类似的初级教程，中文的更好。

再有软件在哪下载？是PC版本的？windows xp环境OK？
赞一下 回复此楼
3楼2010-03-01 14:20:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+3):谢谢 2010-03-01 15:41
那个连接是namd 主页上的一个算例, pdf做到附件里面了
gmx和namd都是完全免费的软件, 都可以运行在PC/Windows上面(不保证效率)

蛋白结构预测是一门大学问
不是下个软件,走个教程就能搞明白的
同时计算量也是超大的, 不是Windows 可以胜任的
希望楼主仔细考虑一下

===
把序列发上来看看吧, 这些方法都是针对序列的
或许你的有别的方法可以做
赞一下(2人) 回复此楼
4楼2010-03-01 15:04:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

abaiwoaini

银虫 (小有名气)
谢谢虫友

序列为：
DGGDGGDGGDCCHSSKLQGrrrrrrrrK
一共28个氨基酸。

看看好做不？
赞一下 回复此楼
5楼2010-03-02 21:50:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+4):谢谢 2010-03-03 16:33
我分析一下吧
D和G都不易形成alpha 和beta 结构,尤其不易形成beta结构, 这段可能是无规蜷曲
中间的SS也易形成无规蜷曲
K和R都是带正点的残基, 不易形成beta结构
尽管C端的正电荷多一些, 但近十个连在一起有点那啥. 这个序列怎么来的

我觉得用MD方法不好处理,因为氨基酸个数较多,本身需要的计算时间较大
并且亲水残基和带电残基太多,必须加入显示的水模型,计算量现在是不可想象的.
我也就只知道这么多了,仅供参考
可以试试别的方法
赞一下(2人) 回复此楼
6楼2010-03-03 09:28:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

abaiwoaini

银虫 (小有名气)
谢谢，楼主分析得很专业呀，俺不想把这问题搞的太复杂，只要通过什么软件能把这个序列的空间构象模拟出来就可以，听说好像要基于什么“最小能量”，我只想知道最后整体的结构，具体的每个氨基酸结构细节我不用知道。

“亲水残基和带电残基太多,必须加入显示的水模型”，能麻烦通俗一点解释吗。哈。
赞一下 回复此楼
7楼2010-03-03 12:53:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+4):谢谢 2010-03-03 16:35
你自己才是楼主

不是俺喜欢把问题搞复杂
而是这个问题本身就是生物物理和计算机领域的世界难题之一
远远不是序列进去结构出来那么简单
尝试各种构象,找一个最低能量的,的确是小分子优化的方法
你知道用到你的分子上要多少时间吗?即使以宇宙寿命为单位,也要10^100量级

能说一下你要这个分子干什么吗,那一段rrrr十分古怪.
javacfish版主告诉我自然界在有这样的序列,可惜那个蛋白还没有结晶出来
我的模拟结果发现这一段会因为正电荷太多,彼此排斥不能折叠

蛋白质结构在水中和弱极性环境(如膜内)是有显著差一的,你的这个应该是水中的吧
要得到结构必须重现它周围的环境,就是说要在蛋白周围添加很多水,构建一个水环境
这会使结果精确性,至少那些rrrrrr会靠近一点,但有使模拟变得极费时以至于不可能
赞一下(2人) 回复此楼
8楼2010-03-03 13:44:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
我认为很难做，学习中，bay__gulf，你是在苏州大学吗？
赞一下 回复此楼
除了你的亲人，没有人应该对你好，对你好的人，一定要珍惜。
9楼2010-03-03 17:52:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+4):谢谢 亲历亲为啊 呵呵 2010-03-03 19:48
图中是"最终"结果,上端是C端,正如预测的那样,两端都是无规蜷曲.
自己折叠的,退火到300K,~10ns,真空环境但侧链电荷保留.
条件很粗糙,仅供参考,不保证结果正确.下楼贴坐标

to tjegg : 是的,我在苏大读书
赞一下(2人) 回复此楼
10楼2010-03-03 18:24:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 abaiwoaini 的主题更新
141/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭