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【求助】虫友们，我想模拟一个肽链的三维结构，如何实现呀，急盼回复。
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虫友们，我想模拟一个肽链（十几个氨基酸组成）的三维结构，如何实现呀。 用什么软件，有免费的吗，从没接触过CADD的我能搞定不？希望专业的虫友多多指教！谢谢！ |
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bay__gulf
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针对不同的蛋白结构,有不同的模拟方法,大致可以按照如下思路 如果有类似的天然蛋白结构,可以用同源建模的方法 如果没有,但分子较小时候,可以用动力学模拟和从头计算方法 你的体系用第二种不错, 软件可以使用gmx 或namd 具体方法参考 http://www.ks.uiuc.edu/Research/folding/ |
2楼2010-03-01 09:29:20
bay__gulf
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4楼2010-03-01 15:04:15
bay__gulf
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我分析一下吧 D和G都不易形成alpha 和beta 结构,尤其不易形成beta结构, 这段可能是无规蜷曲 中间的SS也易形成无规蜷曲 K和R都是带正点的残基, 不易形成beta结构 尽管C端的正电荷多一些, 但近十个连在一起有点那啥. 这个序列怎么来的 我觉得用MD方法不好处理,因为氨基酸个数较多,本身需要的计算时间较大 并且亲水残基和带电残基太多,必须加入显示的水模型,计算量现在是不可想象的. 我也就只知道这么多了,仅供参考 可以试试别的方法 |
6楼2010-03-03 09:28:22
bay__gulf
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你自己才是楼主 不是俺喜欢把问题搞复杂 而是这个问题本身就是生物物理和计算机领域的世界难题之一 远远不是序列进去结构出来那么简单 尝试各种构象,找一个最低能量的,的确是小分子优化的方法 你知道用到你的分子上要多少时间吗?即使以宇宙寿命为单位,也要10^100量级 能说一下你要这个分子干什么吗,那一段rrrr十分古怪. javacfish版主告诉我自然界在有这样的序列,可惜那个蛋白还没有结晶出来 我的模拟结果发现这一段会因为正电荷太多,彼此排斥不能折叠 蛋白质结构在水中和弱极性环境(如膜内)是有显著差一的,你的这个应该是水中的吧 要得到结构必须重现它周围的环境,就是说要在蛋白周围添加很多水,构建一个水环境 这会使结果精确性,至少那些rrrrrr会靠近一点,但有使模拟变得极费时以至于不可能 |
8楼2010-03-03 13:44:24
bay__gulf
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10楼2010-03-03 18:24:09
bay__gulf
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11楼2010-03-03 18:25:27
bay__gulf
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13楼2010-03-04 12:32:18