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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 【求助】虫友们，我想模拟一个肽链的三维结构，如何实现呀，急盼回复。
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abaiwoaini

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】虫友们，我想模拟一个肽链的三维结构，如何实现呀，急盼回复。

虫友们，我想模拟一个肽链（十几个氨基酸组成）的三维结构，如何实现呀。

用什么软件，有免费的吗，从没接触过CADD的我能搞定不？希望专业的虫友多多指教！谢谢！
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1楼 2010-03-01 00:46:51
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+4):谢谢 2010-03-03 16:35
你自己才是楼主

不是俺喜欢把问题搞复杂
而是这个问题本身就是生物物理和计算机领域的世界难题之一
远远不是序列进去结构出来那么简单
尝试各种构象,找一个最低能量的,的确是小分子优化的方法
你知道用到你的分子上要多少时间吗?即使以宇宙寿命为单位,也要10^100量级

能说一下你要这个分子干什么吗,那一段rrrr十分古怪.
javacfish版主告诉我自然界在有这样的序列,可惜那个蛋白还没有结晶出来
我的模拟结果发现这一段会因为正电荷太多,彼此排斥不能折叠

蛋白质结构在水中和弱极性环境(如膜内)是有显著差一的,你的这个应该是水中的吧
要得到结构必须重现它周围的环境,就是说要在蛋白周围添加很多水,构建一个水环境
这会使结果精确性,至少那些rrrrrr会靠近一点,但有使模拟变得极费时以至于不可能
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8楼2010-03-03 13:44:24
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★ ★ ★
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lei0736(金币+4):谢谢 2010-03-01 11:10
针对不同的蛋白结构,有不同的模拟方法,大致可以按照如下思路
如果有类似的天然蛋白结构,可以用同源建模的方法
如果没有,但分子较小时候,可以用动力学模拟和从头计算方法

你的体系用第二种不错, 软件可以使用gmx 或namd
具体方法参考 http://www.ks.uiuc.edu/Research/folding/
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2楼2010-03-01 09:29:20
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abaiwoaini

银虫 (小有名气)
谢谢回复，这个连接打不开呀。

有没有类似的初级教程，中文的更好。

再有软件在哪下载？是PC版本的？windows xp环境OK？
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3楼2010-03-01 14:20:50
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+3):谢谢 2010-03-01 15:41
那个连接是namd 主页上的一个算例, pdf做到附件里面了
gmx和namd都是完全免费的软件, 都可以运行在PC/Windows上面(不保证效率)

蛋白结构预测是一门大学问
不是下个软件,走个教程就能搞明白的
同时计算量也是超大的, 不是Windows 可以胜任的
希望楼主仔细考虑一下

===
把序列发上来看看吧, 这些方法都是针对序列的
或许你的有别的方法可以做
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4楼2010-03-01 15:04:15
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