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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 【求助】虫友们，我想模拟一个肽链的三维结构，如何实现呀，急盼回复。
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abaiwoaini

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】虫友们，我想模拟一个肽链的三维结构，如何实现呀，急盼回复。

虫友们，我想模拟一个肽链（十几个氨基酸组成）的三维结构，如何实现呀。

用什么软件，有免费的吗，从没接触过CADD的我能搞定不？希望专业的虫友多多指教！谢谢！
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1楼 2010-03-01 00:46:51
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abaiwoaini

银虫 (小有名气)
谢谢，楼主分析得很专业呀，俺不想把这问题搞的太复杂，只要通过什么软件能把这个序列的空间构象模拟出来就可以，听说好像要基于什么“最小能量”，我只想知道最后整体的结构，具体的每个氨基酸结构细节我不用知道。

“亲水残基和带电残基太多,必须加入显示的水模型”，能麻烦通俗一点解释吗。哈。
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7楼2010-03-03 12:53:08
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+4):谢谢 2010-03-01 11:10
针对不同的蛋白结构,有不同的模拟方法,大致可以按照如下思路
如果有类似的天然蛋白结构,可以用同源建模的方法
如果没有,但分子较小时候,可以用动力学模拟和从头计算方法

你的体系用第二种不错, 软件可以使用gmx 或namd
具体方法参考 http://www.ks.uiuc.edu/Research/folding/
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2楼2010-03-01 09:29:20
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abaiwoaini

银虫 (小有名气)
谢谢回复，这个连接打不开呀。

有没有类似的初级教程，中文的更好。

再有软件在哪下载？是PC版本的？windows xp环境OK？
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3楼2010-03-01 14:20:50
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+3):谢谢 2010-03-01 15:41
那个连接是namd 主页上的一个算例, pdf做到附件里面了
gmx和namd都是完全免费的软件, 都可以运行在PC/Windows上面(不保证效率)

蛋白结构预测是一门大学问
不是下个软件,走个教程就能搞明白的
同时计算量也是超大的, 不是Windows 可以胜任的
希望楼主仔细考虑一下

===
把序列发上来看看吧, 这些方法都是针对序列的
或许你的有别的方法可以做
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4楼2010-03-01 15:04:15
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