24小时热门版块排行榜    

查看: 874  |  回复: 6
当前主题已经存档。
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

jghe

金虫 (著名写手)

[交流] 【求助】如何用eigenvector-following methods 搜索过渡态?

如题,不管用什么软件,介绍一下这种方法的原理也行,谢谢!
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sobereva

至尊木虫 (著名写手)

本人已永久离开小木虫


★ ★ ★
yjcmwgk(金币+3): 2010-01-30 08:52
jghe(金币+2):很详细,太感谢了 2010-02-03 21:56
引用回帖:
Originally posted by jghe at 2010-01-29 09:58:25:

谢谢回复,我还有一个疑问,所选的本征向量是不是一定要实频?可以选虚频吗?我现在用的是Dmol3,有用这个做的吗?

跟踪哪个本征向量是随意的,一般跟踪本征值最低的。
本征值最低,在平衡态区域内就是最小的正值,在过渡态区域附近就是最负的负值,对应于虚频。所以跟踪实频或虚频不是必然的,如果初始位置就在过渡态附近,就要跟踪虚频,否则跟踪实频会离过渡态越来越远。如果在平衡态附近,就没有虚频了,只能跟踪实频。

若不确定,跟踪本征值最低即可,若初始位置是平衡态附近,到达过渡态过程中在经历势能面拐点的时候会自动由实变虚,如果已在过渡态附近,这个虚频模式会一直保持到过渡态,最后成为过渡态唯一虚频。
5楼2010-01-29 22:40:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 7 个回答

sobereva

至尊木虫 (著名写手)

本人已永久离开小木虫


★ ★ ★
jghe(金币+3):thanks 2010-01-29 09:55
yjcmwgk(金币+3):sobereva大侠果然身手不凡 2010-01-29 12:39
本征向量跟踪(EF)就是不断地沿着Hessian矩阵本征值最小的本征向量方向移动(也可以自行指定跟踪哪个本征向量),使此方向能量不断升高,直到找到过渡态。每走一步重新算本征向量确定下一步移动方向。
在实际使用中会添加一些额外的设定使方法更可靠,比如高斯的opt=(EF,TS),每一步也同时在其它本征向量方向上向降低能量方向移动。实际上高斯的berny方法本质上已经包含了EF方法,而且比EF更为可靠。
2楼2010-01-28 19:33:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

recoli

金虫 (正式写手)

高人出现,顶一下
3楼2010-01-29 01:51:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jghe

金虫 (著名写手)

引用回帖:
Originally posted by sobereva at 2010-01-28 19:33:56:
本征向量跟踪(EF)就是不断地沿着Hessian矩阵本征值最小的本征向量方向移动(也可以自行指定跟踪哪个本征向量),使此方向能量不断升高,直到找到过渡态。每走一步重新算本征向量确定下一步移动方向。
在实际使用 ...

谢谢回复,我还有一个疑问,所选的本征向量是不是一定要实频?可以选虚频吗?我现在用的是Dmol3,有用这个做的吗?
4楼2010-01-29 09:58:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 要骂人了,新模版改版就是要淡化问题凝练这种虚的东西,结果有个评委还在说凝练得不够 +9 瞬息宇宙 2026-08-31 17/850 2026-09-02 14:04 by anjeeshine
[基金申请] 基金系统什么内容也没有 30+4 winsaint 2026-08-27 10/500 2026-09-02 11:35 by 大不刘6
[基金申请] 学科评审组评审是指会评吗? +5 瞬息宇宙 2026-08-31 5/250 2026-09-02 10:13 by 雨冰共舞
[文学芳草园] 梦想 +5 myrtle 2026-08-26 8/400 2026-09-02 02:42 by Leogzhya
[基金申请] 面上合作单位盖章 +6 ssyjh 2026-08-27 9/450 2026-09-01 20:01 by huagongfeihu
[基金申请] 面上函评意见出来了,像什么等级? 20+4 Tsingking1 2026-08-27 17/850 2026-09-01 19:51 by 超级无敌华子
[基金申请] 为什么资助数各大高校都创新高,自己申请怎么就这么难 +13 Kittylucky 2026-08-27 14/700 2026-09-01 11:06 by feng6531
[论文投稿] 小白求助 投论文要求的highlights应该如何写 5+3 l1963982152 2026-08-29 4/200 2026-09-01 09:04 by 北京莱茵编辑
[基金申请] 麻烦专家们看看评委们的意见(F口面上) +7 gdd2018 2026-08-28 12/600 2026-09-01 08:32 by 尼古拉斯小虫
[基金申请] 国社科又开始会评了,不知道这次命运如何 +7 雨打竹帘 2026-08-30 11/550 2026-08-31 23:16 by hittle2008
[基金申请] 基金未中,这种答复是模板吗? +6 zhaosm1982 2026-08-27 7/350 2026-08-31 21:18 by qdxxmc
[基金申请] 面上意见出来了 +12 黄鸟于飞Chao 2026-08-29 23/1150 2026-08-31 18:57 by 黄鸟于飞Chao
[基金申请] 能否申诉? +7 echo8914667 2026-08-30 8/400 2026-08-31 17:00 by yihongxu
[基金申请] 中青基了要发朋友圈吗? +7 349506619 2026-08-28 7/350 2026-08-31 13:39 by 冼亮淀粉酶
[基金申请] 29号明天会评吗 +4 笨笨唐 2026-08-28 4/200 2026-08-31 09:30 by huixian257
[基金申请] 有没有仍没收到信息的 +7 德尚中行 2026-08-27 8/400 2026-08-30 20:52 by purplejack
[考博] 找导师 +6 yuanjiabao 2026-08-29 7/350 2026-08-30 14:40 by 生科新手
[基金申请] 我就是申请一个面上项目而已,这评审意见是按照杰青的条件评的吧? +6 gouxfjh 2026-08-28 11/550 2026-08-30 07:57 by gouxfjh
[基金申请] 2026年叶企孙基金 +4 bud_bud 2026-08-27 7/350 2026-08-29 07:23 by foolishmani
[基金申请] 看板上这么多中的,有点像50人群里49个人都是骗子的那种感觉…… +5 a089 2026-08-26 6/300 2026-08-27 14:05 by jonewore
信息提示
请填处理意见