24小时热门版块排行榜    

查看: 967  |  回复: 6
当前主题已经存档。
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

jghe

金虫 (著名写手)

[交流] 【求助】如何用eigenvector-following methods 搜索过渡态?

如题,不管用什么软件,介绍一下这种方法的原理也行,谢谢!
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sobereva

至尊木虫 (著名写手)

本人已永久离开小木虫


★ ★ ★
yjcmwgk(金币+3): 2010-01-30 08:52
jghe(金币+2):很详细,太感谢了 2010-02-03 21:56
引用回帖:
Originally posted by jghe at 2010-01-29 09:58:25:

谢谢回复,我还有一个疑问,所选的本征向量是不是一定要实频?可以选虚频吗?我现在用的是Dmol3,有用这个做的吗?

跟踪哪个本征向量是随意的,一般跟踪本征值最低的。
本征值最低,在平衡态区域内就是最小的正值,在过渡态区域附近就是最负的负值,对应于虚频。所以跟踪实频或虚频不是必然的,如果初始位置就在过渡态附近,就要跟踪虚频,否则跟踪实频会离过渡态越来越远。如果在平衡态附近,就没有虚频了,只能跟踪实频。

若不确定,跟踪本征值最低即可,若初始位置是平衡态附近,到达过渡态过程中在经历势能面拐点的时候会自动由实变虚,如果已在过渡态附近,这个虚频模式会一直保持到过渡态,最后成为过渡态唯一虚频。
5楼2010-01-29 22:40:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 7 个回答

sobereva

至尊木虫 (著名写手)

本人已永久离开小木虫


★ ★ ★
jghe(金币+3):thanks 2010-01-29 09:55
yjcmwgk(金币+3):sobereva大侠果然身手不凡 2010-01-29 12:39
本征向量跟踪(EF)就是不断地沿着Hessian矩阵本征值最小的本征向量方向移动(也可以自行指定跟踪哪个本征向量),使此方向能量不断升高,直到找到过渡态。每走一步重新算本征向量确定下一步移动方向。
在实际使用中会添加一些额外的设定使方法更可靠,比如高斯的opt=(EF,TS),每一步也同时在其它本征向量方向上向降低能量方向移动。实际上高斯的berny方法本质上已经包含了EF方法,而且比EF更为可靠。
2楼2010-01-28 19:33:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

recoli

金虫 (正式写手)

高人出现,顶一下
3楼2010-01-29 01:51:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jghe

金虫 (著名写手)

引用回帖:
Originally posted by sobereva at 2010-01-28 19:33:56:
本征向量跟踪(EF)就是不断地沿着Hessian矩阵本征值最小的本征向量方向移动(也可以自行指定跟踪哪个本征向量),使此方向能量不断升高,直到找到过渡态。每走一步重新算本征向量确定下一步移动方向。
在实际使用 ...

谢谢回复,我还有一个疑问,所选的本征向量是不是一定要实频?可以选虚频吗?我现在用的是Dmol3,有用这个做的吗?
4楼2010-01-29 09:58:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[教师之家] 售SCI一区T0P文章,我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 cqv1zKnzd7hr 2026-11-09 4/200 2026-11-10 12:52 by C6CRn66RYYXS
[考博] 申请环境,微生物方向博士 +3 浅笑09 2026-11-08 3/150 2026-11-10 12:44 by 可淡不可忘
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 cqv1zKnzd7hr 2026-11-09 4/200 2026-11-10 12:30 by C6CRn66RYYXS
[教师之家] 延安大学回应“副教授留绝笔信”:确已离世,正核实举报内容 +4 yexuqing 2026-11-04 6/300 2026-11-10 11:13 by susizheng
[教师之家] 售SCI一区文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 0TEMgxdT1eIw 2026-11-09 4/200 2026-11-10 11:02 by YHiw1gou1Eda
[考研] 售SCI文章,我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 0TEMgxdT1eIw 2026-11-09 4/200 2026-11-10 10:51 by YHiw1gou1Eda
[公派出国] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 zSbvVX9JFl9J 2026-11-09 3/150 2026-11-10 01:40 by FChKX8meu1ds
[考博] 27博士申请 +3 白白白ly 2026-11-09 3/150 2026-11-09 21:39 by szq0819
[文学芳草园] 厉娜 +3 张丹枫1991 2026-11-09 5/250 2026-11-09 16:53 by 张丹枫1991
[考博] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +5 kvewwGtKktqB 2026-11-04 12/600 2026-11-09 13:26 by Equinoxhua
[考研] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 ttH3f1oA6ace 2026-11-04 15/750 2026-11-09 13:19 by Equinoxhua
[考研] 售SCI文章,我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +6 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 14/700 2026-11-09 11:52 by GwrQVVR6Oenx
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +5 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 16/800 2026-11-09 11:47 by GwrQVVR6Oenx
[考博] 售SCI文章,我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +5 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 15/750 2026-11-09 11:41 by GwrQVVR6Oenx
[公派出国] 售SCI一区文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +4 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 8/400 2026-11-09 00:14 by l48hFd8Nwae2
[教师之家] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 8/400 2026-11-08 23:01 by l48hFd8Nwae2
[硕博家园] 售SCI一区文章,我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +4 ttH3f1oA6ace 2026-11-04 11/550 2026-11-06 16:10 by 5sJFDKp2kwuI
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +6 kvewwGtKktqB 2026-11-04 16/800 2026-11-06 05:00 by qL1cU46YIdK0
[硕博家园] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 ttH3f1oA6ace 2026-11-04 9/450 2026-11-06 02:02 by qL1cU46YIdK0
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +4 hNpp4Y2CGvSC 2026-11-04 12/600 2026-11-06 01:53 by qL1cU46YIdK0
信息提示
请填处理意见