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【求助】如何用eigenvector-following methods 搜索过渡态？
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 Materials Modeling |
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sobereva
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jghe(金币+3):thanks 2010-01-29 09:55
yjcmwgk(金币+3):sobereva大侠果然身手不凡 2010-01-29 12:39
jghe(金币+3):thanks 2010-01-29 09:55
yjcmwgk(金币+3):sobereva大侠果然身手不凡 2010-01-29 12:39
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本征向量跟踪(EF)就是不断地沿着Hessian矩阵本征值最小的本征向量方向移动（也可以自行指定跟踪哪个本征向量），使此方向能量不断升高，直到找到过渡态。每走一步重新算本征向量确定下一步移动方向。 在实际使用中会添加一些额外的设定使方法更可靠，比如高斯的opt=(EF,TS)，每一步也同时在其它本征向量方向上向降低能量方向移动。实际上高斯的berny方法本质上已经包含了EF方法，而且比EF更为可靠。 |
2楼2010-01-28 19:33:56
3楼2010-01-29 01:51:12
4楼2010-01-29 09:58:25
sobereva
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yjcmwgk(金币+3): 2010-01-30 08:52
jghe(金币+2):很详细，太感谢了 2010-02-03 21:56
yjcmwgk(金币+3): 2010-01-30 08:52
jghe(金币+2):很详细，太感谢了 2010-02-03 21:56
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跟踪哪个本征向量是随意的，一般跟踪本征值最低的。 本征值最低，在平衡态区域内就是最小的正值，在过渡态区域附近就是最负的负值，对应于虚频。所以跟踪实频或虚频不是必然的，如果初始位置就在过渡态附近，就要跟踪虚频，否则跟踪实频会离过渡态越来越远。如果在平衡态附近，就没有虚频了，只能跟踪实频。 若不确定，跟踪本征值最低即可，若初始位置是平衡态附近，到达过渡态过程中在经历势能面拐点的时候会自动由实变虚，如果已在过渡态附近，这个虚频模式会一直保持到过渡态，最后成为过渡态唯一虚频。 |
5楼2010-01-29 22:40:10
6楼2010-02-03 22:02:56
sobereva
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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
yjcmwgk(金币+3): 2010-02-04 14:05
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
yjcmwgk(金币+3): 2010-02-04 14:05
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我不知道你怎么定义“振动强度”。虚频与势能面曲率有关，其平方的绝对值越大则此振动方向势能面曲率越大。过渡态的虚频可大可小，取决于势能面的形状。若有多个虚频，只能根据你对这个反应的理解来猜测，或者分别进行跟踪。即便跟踪一个虚频能最终到过渡态，其数值也可能在此过程中会有不小变化，光看在当前的频率难以确定。 移动坐标来消多余的虚频，实际上本质就是手动在被跟踪的振动向量以外的方向进行优化。势能面是复杂、曲折的，由于不知道势能面的真实形状，一次最大移动多少合适是无法预知的，所以优化方法都有置信半径的限制避免走得太远而到错误的区域。同样地，手动移动一般一次也不要移动太大，可以多次移动，每次移动后重新做振动分析确定下一次怎么移动合适。最好还是作为初猜，让程序自动去做这些事情。 |
7楼2010-02-04 01:36:49