| 查看: 853 | 回复: 6 | ||||
| 当前主题已经存档。 | ||||
[交流]
【求助】如何用eigenvector-following methods 搜索过渡态？
|
||||
| 如题，不管用什么软件，介绍一下这种方法的原理也行，谢谢！ |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 Materials Modeling |
» 猜你喜欢
现招2026北京航空航天大学联培博士1名（北航学位）-材料AI方向
已经有3人回复
-
普瓦捷环境与材料化学研究所 (IC2MP)博后招聘
已经有0人回复
-
物理化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有160人回复
-
香港科技大学(广州)方超课题组招聘全奖博士
已经有0人回复
-
宁夏大学化学工程与技术专业招收博士研究生
已经有1人回复
-
南京大学软物质计算模拟方向硕博连读/直博生招生
已经有0人回复
-
博士生招生, 材料模拟方向，University of South Carolina
已经有0人回复
-
博士生招生, 材料模拟方向，University of South Carolina
已经有0人回复
-
美国杰克逊州立大学周剑歌教授的化学计算与AI实验室诚招博士后研究员
已经有3人回复
-
博士生招生, 材料模拟方向，University of South Carolina
已经有0人回复
-
面上再次挂了，太难了，躺也躺不了，倦也卷不过，小学校之殇！
已经有22人回复
sobereva
至尊木虫 (著名写手)
本人已永久离开小木虫
- QC强帖: 17
- 应助: 226 (大学生)
- 贵宾: 5.4
- 金币: 2180.5
- 红花: 217
- 帖子: 1241
- 在线: 366.8小时
- 虫号: 281271
- 注册: 2006-09-23
- 专业: 宇宙学
★ ★ ★
jghe(金币+3):thanks 2010-01-29 09:55
yjcmwgk(金币+3):sobereva大侠果然身手不凡 2010-01-29 12:39
jghe(金币+3):thanks 2010-01-29 09:55
yjcmwgk(金币+3):sobereva大侠果然身手不凡 2010-01-29 12:39
|
本征向量跟踪(EF)就是不断地沿着Hessian矩阵本征值最小的本征向量方向移动（也可以自行指定跟踪哪个本征向量），使此方向能量不断升高，直到找到过渡态。每走一步重新算本征向量确定下一步移动方向。 在实际使用中会添加一些额外的设定使方法更可靠，比如高斯的opt=(EF,TS)，每一步也同时在其它本征向量方向上向降低能量方向移动。实际上高斯的berny方法本质上已经包含了EF方法，而且比EF更为可靠。 |
2楼2010-01-28 19:33:56
3楼2010-01-29 01:51:12
4楼2010-01-29 09:58:25
sobereva
至尊木虫 (著名写手)
本人已永久离开小木虫
- QC强帖: 17
- 应助: 226 (大学生)
- 贵宾: 5.4
- 金币: 2180.5
- 红花: 217
- 帖子: 1241
- 在线: 366.8小时
- 虫号: 281271
- 注册: 2006-09-23
- 专业: 宇宙学
★ ★ ★
yjcmwgk(金币+3): 2010-01-30 08:52
jghe(金币+2):很详细，太感谢了 2010-02-03 21:56
yjcmwgk(金币+3): 2010-01-30 08:52
jghe(金币+2):很详细，太感谢了 2010-02-03 21:56
|
跟踪哪个本征向量是随意的，一般跟踪本征值最低的。 本征值最低，在平衡态区域内就是最小的正值，在过渡态区域附近就是最负的负值，对应于虚频。所以跟踪实频或虚频不是必然的，如果初始位置就在过渡态附近，就要跟踪虚频，否则跟踪实频会离过渡态越来越远。如果在平衡态附近，就没有虚频了，只能跟踪实频。 若不确定，跟踪本征值最低即可，若初始位置是平衡态附近，到达过渡态过程中在经历势能面拐点的时候会自动由实变虚，如果已在过渡态附近，这个虚频模式会一直保持到过渡态，最后成为过渡态唯一虚频。 |
5楼2010-01-29 22:40:10
6楼2010-02-03 22:02:56
sobereva
至尊木虫 (著名写手)
本人已永久离开小木虫
- QC强帖: 17
- 应助: 226 (大学生)
- 贵宾: 5.4
- 金币: 2180.5
- 红花: 217
- 帖子: 1241
- 在线: 366.8小时
- 虫号: 281271
- 注册: 2006-09-23
- 专业: 宇宙学
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
yjcmwgk(金币+3): 2010-02-04 14:05
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
yjcmwgk(金币+3): 2010-02-04 14:05
|
我不知道你怎么定义“振动强度”。虚频与势能面曲率有关，其平方的绝对值越大则此振动方向势能面曲率越大。过渡态的虚频可大可小，取决于势能面的形状。若有多个虚频，只能根据你对这个反应的理解来猜测，或者分别进行跟踪。即便跟踪一个虚频能最终到过渡态，其数值也可能在此过程中会有不小变化，光看在当前的频率难以确定。 移动坐标来消多余的虚频，实际上本质就是手动在被跟踪的振动向量以外的方向进行优化。势能面是复杂、曲折的，由于不知道势能面的真实形状，一次最大移动多少合适是无法预知的，所以优化方法都有置信半径的限制避免走得太远而到错误的区域。同样地，手动移动一般一次也不要移动太大，可以多次移动，每次移动后重新做振动分析确定下一次怎么移动合适。最好还是作为初猜，让程序自动去做这些事情。 |
7楼2010-02-04 01:36:49
15