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xiaorong-er

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助/交流】引物的Tm值到底以哪个为准

我用oligo6设计出的引物Tm值要比引物公司给的值高很多,在CNBI上BLAST得到的信息其Tm值又是不一样,到底以哪个为准比较好,我基本按引物公司给的Tm值做一个梯度实验,但是有时候却什么也得不到,RNA肯定是没有问题的,因为内参的目的片段可以扩增出来的,是不是引物不行,还是温度设计的不对?还请高手指点。谢谢!
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yzhang1986

铁杆木虫 (文坛精英)

优秀版主

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1949stone(金币+1,VIP+0): 1-10 12:52
梯度都做不出的话,多半引物问题
我们一般自己算tm
2楼2010-01-10 11:43:02
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seahow

木虫 (著名写手)

★ ★
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1949stone(金币+1,VIP+0): 1-10 12:52
应用 软件 评价以下引物。
3楼2010-01-10 12:01:25
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1949stone

荣誉版主 (知名作家)

海纳百川


司马诸葛(金币+1,VIP+0): 1-10 16:06
订单上有啊
海纳百川止于至善
4楼2010-01-10 12:52:39
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匿名

用户注销 (著名写手)

★ ★
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司马诸葛(金币+1,VIP+0): 1-10 16:04
本帖仅楼主可见
5楼2010-01-10 15:01:51
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gaozx123

金虫 (小有名气)

★ ★ ★
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amisking(金币+2,VIP+0): 1-10 20:20
我本人做,一般在NCBI上设计出来后,再用primer5评价一下,可以的话,拿到公司合成。引物单上会给出一个Tm值,我们一般按照评价的温度与单子上的温度设计一个梯度温度进行PCR,一般都会有结果的。
6楼2010-01-10 20:19:32
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yitai123

铁虫 (初入文坛)


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信不信多加一点酶也是有效果的。这是个人经验啊。
7楼2010-01-10 21:30:10
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pengl001

木虫 (小有名气)


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我们基本都参照oligo或者primer 5给的温度设定退火温度,引物公司的温度太低了
Yes,Ican!
8楼2010-01-11 05:58:42
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xiaorong-er

金虫 (正式写手)

我一般是按照引物公司给的TM值,根据给的TM最少值的引物和最大值的引物上下3-5度进行梯度摸索的,有时候设计的引物什么条带也扩增不出来,有的条带扩增对了,但是去测序的时候得到的结果又不对,很是郁闷。我直接买的mix,所以加酶估计是不知道怎么弄了。
9楼2010-01-11 09:17:27
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xj22667

银虫 (小有名气)


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我一般参考的是oligo6.0上算出的 公司给出的把保护碱基和酶切位点的碱基都算进去了 不准 我认为
10楼2010-01-12 17:35:21
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