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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】引物的Tm值到底以哪个为准
汕头大学海洋科学接受调剂
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xiaorong-er

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助/交流】引物的Tm值到底以哪个为准

我用oligo6设计出的引物Tm值要比引物公司给的值高很多，在CNBI上BLAST得到的信息其Tm值又是不一样，到底以哪个为准比较好，我基本按引物公司给的Tm值做一个梯度实验，但是有时候却什么也得不到，RNA肯定是没有问题的，因为内参的目的片段可以扩增出来的，是不是引物不行，还是温度设计的不对？还请高手指点。谢谢！
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1楼 2010-01-10 11:17:33
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yzhang1986

铁杆木虫 (文坛精英)

优秀版主
★ ★
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1949stone(金币+1,VIP+0): 1-10 12:52
梯度都做不出的话，多半引物问题
我们一般自己算tm
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2楼2010-01-10 11:43:02
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seahow

木虫 (著名写手)
★ ★
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1949stone(金币+1,VIP+0): 1-10 12:52
应用 软件 评价以下引物。
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3楼2010-01-10 12:01:25
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1949stone

荣誉版主 (知名作家)

海纳百川
★
司马诸葛(金币+1,VIP+0): 1-10 16:06
订单上有啊
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海纳百川止于至善
4楼2010-01-10 12:52:39
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匿名

用户注销 (著名写手)
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司马诸葛(金币+1,VIP+0): 1-10 16:04
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5楼2010-01-10 15:01:51
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gaozx123

金虫 (小有名气)
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amisking(金币+2,VIP+0): 1-10 20:20
我本人做，一般在NCBI上设计出来后，再用primer5评价一下，可以的话，拿到公司合成。引物单上会给出一个Tm值，我们一般按照评价的温度与单子上的温度设计一个梯度温度进行PCR，一般都会有结果的。
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6楼2010-01-10 20:19:32
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yitai123

铁虫 (初入文坛)
★
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信不信多加一点酶也是有效果的。这是个人经验啊。
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7楼2010-01-10 21:30:10
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pengl001

木虫 (小有名气)
★
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我们基本都参照oligo或者primer 5给的温度设定退火温度，引物公司的温度太低了
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Yes,Ican!
8楼2010-01-11 05:58:42
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xiaorong-er

金虫 (正式写手)
我一般是按照引物公司给的TM值，根据给的TM最少值的引物和最大值的引物上下3-5度进行梯度摸索的，有时候设计的引物什么条带也扩增不出来，有的条带扩增对了，但是去测序的时候得到的结果又不对，很是郁闷。我直接买的mix,所以加酶估计是不知道怎么弄了。
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9楼2010-01-11 09:17:27
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xj22667

银虫 (小有名气)
★
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我一般参考的是oligo6.0上算出的 公司给出的把保护碱基和酶切位点的碱基都算进去了 不准 我认为
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10楼2010-01-12 17:35:21
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