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南方科技大学公共卫生及应急管理学院2025级博士研究生招生报考通知
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coolrainbow

木虫 (著名写手)

未来国家冻凉

[交流] 【求助】请问可不可以做含水的分子对接

一般做对接时候都要把水去掉,现在有一个体系,存在配体-水-蛋白质的作用,请问能不能把活性口袋里面的水保留下来,做对接,这样合理吗?

另外:我用ADT加氢的时候,发现系统不给水分子加氢,请问是这样的吗,只能通过别的软件加氢了吗?
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fmtzhangli

金虫 (小有名气)

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lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 1-8 11:19
autodock不能同时对接三个分子吧
6楼2010-01-07 22:48:39
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javacfish

金虫 (小有名气)

★ ★ ★
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lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 1-6 18:59
如果是autdock的话,不合理
2楼2010-01-06 18:18:47
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coolrainbow

木虫 (著名写手)

未来国家冻凉

引用回帖:
Originally posted by javacfish at 2010-1-6 18:18:
如果是autdock的话,不合理

为什么呢?是不是水的类型在autodock参数里里没有对应的类型呢?
技术博客:http://hi.baidu.com/coolrainbow/blog
3楼2010-01-07 08:31:00
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fantastic

银虫 (著名写手)


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lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 1-7 14:16
引用回帖:
Originally posted by coolrainbow at 2010-1-7 08:31:


为什么呢?是不是水的类型在autodock参数里里没有对应的类型呢?

我也不知道!但是我们做对接的时候,一般都是会把水分子删除的!
4楼2010-01-07 10:05:52
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