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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】请问可不可以做含水的分子对接
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coolrainbow

木虫 (著名写手)

未来国家冻凉

[交流] 【求助】请问可不可以做含水的分子对接

一般做对接时候都要把水去掉，现在有一个体系，存在配体-水-蛋白质的作用，请问能不能把活性口袋里面的水保留下来，做对接，这样合理吗？

另外：我用ADT加氢的时候，发现系统不给水分子加氢，请问是这样的吗，只能通过别的软件加氢了吗？
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1楼 2010-01-06 14:14:13
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fantastic

银虫 (著名写手)
★ ★
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lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 1-7 14:16
引用回帖:
Originally posted by coolrainbow at 2010-1-7 08:31:


为什么呢？是不是水的类型在autodock参数里里没有对应的类型呢？

我也不知道！但是我们做对接的时候，一般都是会把水分子删除的！
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4楼2010-01-07 10:05:52
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javacfish

金虫 (小有名气)
★ ★ ★
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lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 1-6 18:59
如果是autdock的话，不合理
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2楼2010-01-06 18:18:47
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coolrainbow

木虫 (著名写手)

未来国家冻凉
引用回帖:
Originally posted by javacfish at 2010-1-6 18:18:
如果是autdock的话，不合理

为什么呢？是不是水的类型在autodock参数里里没有对应的类型呢？
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技术博客：http://hi.baidu.com/coolrainbow/blog
3楼2010-01-07 08:31:00
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默昭文

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 1-7 20:05
通常的autodock对接不考虑水，如果考虑水还要加水的参数，就可以啦！
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幽默是一种生活态度
5楼2010-01-07 17:19:23
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