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javacfish

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[资源] 【原创】convert0.2 批量转化分子格式的小程序-updating 2010-05-28

经过bay__gulf618和一些网友来信的提议，我现在把covert0.11升级到convert0.2

此次升级：
1.实现的了分子名称的对应转化的目标，如a.mol2转化成sdf格式后变成a.sdf,以此类推。
2.实现了目录独立性，不要再去粘贴convert.exe的文件了。
3.可以设置系统的环境变量
4.可以转化成各种格式，修复了一些bug

第一部分：运行环境和安装方法：
1.需要jdk1.5以上，首先在开始---程序---运行中输入cmd,然后键入java,
如果发现类似的：“comand not found,”说明这个windows系统没有自带装jre（windows2000或有些xp安装的话，默认是带jre的）,你要首先安装这个。
在这下载jre：
https://cds.sun.com/is-bin/INTER ... VariationTypeFilter
或者这个地址也行：
http://www.brsbox.com/filebox/do ... 2e1c20e5242b50678a7
2.下载convert0.2.rar即可！

第二部分
1. 打开mol_test (本软件使用的最大注意事项：要把同后缀的分子文件放到一个工作目录，比如把*.mol2放到一个目录当中，不要放其他文件或其他格式的文件)
2. 开始---运行---cmd，然后在回车。
3. d:\test\cpp\convert0.1\bin\read.exe . > 0.log (你也可以选择相对路径，但是我的DOS不能选择选择相对路径，这主要是看你了。同时注意：此时的文件一定要是0.log文件)，如下图1:

4. 此时就会发现mol_test里面多了个0.log文件。
5. 然后你可以有2个选择，在windows的环境变量中设置
a) convert=”convert的主目录”,然后在path的环境变量中的最后添加       %  ANT_HOME%\bin
b) 什么变量都不设置，用的时候打开直接cd到这个可执行目录，或者加上路径直接运行，如下：
6.  然后输入：D:\test\convert0.11\convert0.2.exe mol2 sdf D:\test\convert0.2\babel D:\test\convert0.2\mol_test  D:\test\convert0.2\savepath
a) 说明：mol2是你输入的分子格式，pdb是你要输出的格式，以此类推，加入你要把mol2转化成mol,你就写成convert.exe mol2 mol D:\test\convert0.2\babel D:\test\convert0.2\mol_test  D:\test\convert0.2\savepath
b) D:\test\convert0.2\babel是放babel的目录，记住一定写上
  c) D:\test\convert0.2\mol_test是放你目前要被转化的分子的目录，记住只放你转化的分子，其他一概不放。用完之后，还要继续转化其他分子，要么清空这个目录，要么在自定义个其他目录。
  d) D:\test\convert0.2\savepath 是设定你转化后的分子所在的目录（记住要先建好，以免出错），记住最好不要与原来的要被转化的分子设成同一个目录。
  e) 最后一定要严格按照顺序来写，convert0.2.exe 之后的一个参数是目前的分子格式；第二个参数是要转化的分子格式；第三个参数是babel目录所在，解压后就可以看到；第四个参数是目前分子所在的目录；第五个参数是你要放转化后的分子的目录。

7. 然后输入：convert0.2.exe mol2 sdf D:\test\convert0.2\babel D:\test\convert0.2\mol_test  D:\test\convert0.2\savepath，如下图2

8. 然后你就可发现产生了与之对应的转化后的格式:

这样就实现了一一对应的转化了。
总结：说这么多，其实配置好之后，操作总共就2个步骤：
① read.exe . >0.log
② 拷贝convert.exe到工作目录，然后
convert0.2.exe mol2 sdf D:\test\convert0.2\babel D:\test\convert0.2\mol_test D:\test\convert0.2\savepath

有问题给我发邮件：javacfish@sina.com

convert0.2下载地址1：http://www.brsbox.com/filebox/do ... 1801328b929bc7a590e
convert0.2下载地址2：http://download.csdn.net/source/2402982

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以下是convert0.11,比较老的版本
最近有人问我如何用openbabel批量转化分子的格式,其实方法很多：
1.使用linux脚本将是非常容易的事，但是，windows下我不想再学dos了，就随便写了个程序，希望对大家有所帮助。
2.你也可以用openbabel转化成一个分子，在用split分割开。
3.TCL脚本等
脚本我就不写了，有兴趣的人可以补写。
有问题给我发邮件：javacfish@sina.com
convert0.11下载地址1：http://www.brsbox.com/filebox/do ... b3babca28762429ced8
convert0.11下载地址2：http://download.csdn.net/source/1910642
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License: 本软件遵守GNU General Public License
（http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html）

[ Last edited by javacfish on 2010-5-28 at 15:58 ]

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