| 查看: 9187 | 回复: 20 | ||||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||||
neweroica木虫 (著名写手)
|
[交流]
【求助】如何固定某几个原子不动？ 已有3人参与
|
|||
|
刚接触LAMMPS，有一个问题想请教大家： 我想在整个MD模拟过程中，固定某几个原子始终不动，请问该如何实现？ 具体用什么命令和关键词？ 谢谢！！！ |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 分子模拟 |
» 猜你喜欢
2026国自然函评费到账
已经有17人回复
-
让我中一个面上吧！
已经有15人回复
-
2026年的国家社科基金项目通讯评审的新规则与新动向、新挑战
已经有5人回复
-
跳槽后在研项目怎么办？
已经有10人回复
-
什么时候开奖？
已经有10人回复
-
今天放榜吗？
已经有16人回复
-
93BebMhtakh前后11位开头都是大写
已经有8人回复
-
范进中举一文的中心思想
已经有4人回复
-
只有每年这种时候来逛逛小木虫
已经有26人回复
-
filecode，4个jtjc了
已经有16人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 请帮忙看一下lammps中是否有这个势函数？
已经有3人回复
- lammps中原子固定
已经有4人回复
- 求助 为什么我安装的MS中画不上原子或者是分子环呢
已经有3人回复
- 求助如何固定原子坐标进行优化，快搞疯了
已经有16人回复
- 求助修改说明的写法
已经有4人回复
- 计算过程中出现警告
已经有5人回复
- 如何 用高斯 固定部分原子 进行优化
已经有4人回复
- 请问castep计算的时候如何来固定部分原子
已经有3人回复
- vasp如何优化指定的几个原子
已经有9人回复
- Help: dn/dc value for poly(2,3-dimethyl-1,3-butadiene)
已经有5人回复
- 【求助】怎么强行将4个原子固定在一个面上？
已经有6人回复
- 【求助】请高人指点，如何人为固定原子占有率
已经有8人回复
- 【讨论】局部优化，固定不了原子
已经有16人回复
- 【求助】结构优化时如何将原子位置固定在原胞内
已经有9人回复
- 【求助】表面吸附原子的位置问题！
已经有9人回复
- 【求助】怎样固定原子和距离
已经有14人回复
- 【求助】计算表面能要不要固定中间的原子
已经有12人回复
- 【求助】请问这两个A问题怎么样解决？
已经有11人回复
老虎大王
木虫 (著名写手)
- 模拟EPI: 17
- 应助: 26 (小学生)
- 贵宾: 0.17
- 金币: 4774.1
- 散金: 8
- 红花: 42
- 帖子: 1361
- 在线: 215.2小时
- 虫号: 659094
- 注册: 2008-11-21
- 专业: 金属结构材料
9楼2009-12-18 15:48:26
老虎大王
木虫 (著名写手)
- 模拟EPI: 17
- 应助: 26 (小学生)
- 贵宾: 0.17
- 金币: 4774.1
- 散金: 8
- 红花: 42
- 帖子: 1361
- 在线: 215.2小时
- 虫号: 659094
- 注册: 2008-11-21
- 专业: 金属结构材料
★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+5,VIP+0):谢谢 12-15 09:19
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+5,VIP+0):谢谢 12-15 09:19
|
这个有多种方法可以实现。 首先你把这几个原子放在一个group里面（比如group1），把其它原子放在另外的group（比如group2)里面。然后，你至少可以选择如下几种方法： 1. 运动方程不对这几个原子积分, 只对group2积分（但我不能确定这个时候group1里面的原子对其它原子的力的作用是否还存在（你可以作一个测试，对于一个构型手工计算一下这几个原子旁边的某一原子的势能，和程序输出的该原子的势能比较一下——用computer pe/atom命令） 2. 运动方程对所有原子积分，但是对group1里面的原子，每一步都标定它的速度，让它们的速度（或温度）为零。 3. 运动方程对所有原子积分，令group1里面的原子的初速度为零，然后用 fix setforce命令，把它们的受力搞成零。 [ Last edited by 老虎大王 on 2009-12-15 at 09:03 ] |
2楼2009-12-15 09:01:58
老虎大王
木虫 (著名写手)
- 模拟EPI: 17
- 应助: 26 (小学生)
- 贵宾: 0.17
- 金币: 4774.1
- 散金: 8
- 红花: 42
- 帖子: 1361
- 在线: 215.2小时
- 虫号: 659094
- 注册: 2008-11-21
- 专业: 金属结构材料
3楼2009-12-15 09:12:48
neweroica
木虫 (著名写手)
- 模拟EPI: 1
- 应助: 53 (初中生)
- 金币: 4792.5
- 散金: 301
- 红花: 31
- 帖子: 2528
- 在线: 217.4小时
- 虫号: 36775
- 注册: 2004-02-11
- 专业: 理论和计算化学
|
非常感谢老虎大王！！！ 1. setforce好像不管用。在run之后，原子位置还是随着timestep发生变化。 2. run 100000 every 1 set group s vx 0 vy 0 vz 0管用。 但我还有个问题： 因为我将每个分子都是为一个刚体，但同时又想对系统施加NVT，所以我用了两个fix来实现： fix 1 all nvt 300.0 300.0 100.0 fix 2 all rigid group 2 mol1 mol2 但是运行后却出现警告： WARNING: One or more atoms are time integrated more than once 请问这个问题该怎么解决？ |
4楼2009-12-15 19:31:25
40