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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 【求助】如何固定某几个原子不动？
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neweroica

木虫 (著名写手)

[交流] 【求助】如何固定某几个原子不动？ 已有3人参与

刚接触LAMMPS，有一个问题想请教大家：

我想在整个MD模拟过程中，固定某几个原子始终不动，请问该如何实现？ 具体用什么命令和关键词？  谢谢！！！
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Simpler, stronger, more tolerant
1楼 2009-12-14 23:54:27
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neweroica

木虫 (著名写手)
★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):DLPOLY应该有 另外开源软件支持修改代码 BH势还是比较简单的 12-16 12:39
引用回帖:
Originally posted by 老虎大王 at 2009-12-15 09:12:
当然，如果这些都不大好使或者太麻烦的话，我推荐你用XMD。XMD里专门有一个命令叫Fix，确保这些原子的位置不被更新，但它们与其它原子的相互作用是存在的。

但我想用Buckingham + Coulomb势，貌似XMD没有吧？
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Simpler, stronger, more tolerant
5楼2009-12-15 19:32:19
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老虎大王

木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+5,VIP+0):谢谢 12-15 09:19
这个有多种方法可以实现。
首先你把这几个原子放在一个group里面（比如group1），把其它原子放在另外的group（比如group2)里面。然后，你至少可以选择如下几种方法：
1. 运动方程不对这几个原子积分, 只对group2积分（但我不能确定这个时候group1里面的原子对其它原子的力的作用是否还存在（你可以作一个测试，对于一个构型手工计算一下这几个原子旁边的某一原子的势能，和程序输出的该原子的势能比较一下——用computer pe/atom命令）
2. 运动方程对所有原子积分，但是对group1里面的原子，每一步都标定它的速度，让它们的速度（或温度）为零。
3. 运动方程对所有原子积分，令group1里面的原子的初速度为零，然后用 fix setforce命令，把它们的受力搞成零。

[ Last edited by 老虎大王 on 2009-12-15 at 09:03 ]
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2楼2009-12-15 09:01:58
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老虎大王

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 12-15 09:19
当然，如果这些都不大好使或者太麻烦的话，我推荐你用XMD。XMD里专门有一个命令叫Fix，确保这些原子的位置不被更新，但它们与其它原子的相互作用是存在的。
赞一下(11人) 回复此楼
3楼2009-12-15 09:12:48
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neweroica

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by 老虎大王 at 2009-12-15 09:01:
这个有多种方法可以实现。
首先你把这几个原子放在一个group里面（比如group1），把其它原子放在另外的group（比如group2)里面。然后，你至少可以选择如下几种方法：
1. 运动方程不对这几个原子积分, 只对group ...

非常感谢老虎大王！！！

1. setforce好像不管用。在run之后，原子位置还是随着timestep发生变化。

2. run            100000 every 1 set group s vx 0 vy 0 vz 0管用。 但我还有个问题：

因为我将每个分子都是为一个刚体，但同时又想对系统施加NVT，所以我用了两个fix来实现：
fix 1 all nvt 300.0 300.0 100.0
fix 2 all rigid group 2 mol1 mol2

但是运行后却出现警告：
WARNING: One or more atoms are time integrated more than once

请问这个问题该怎么解决？
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Simpler, stronger, more tolerant
4楼2009-12-15 19:31:25
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