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hj122

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】求助:新菌种如何建立系统发育树?

在实验室通过分离纯化得到一个未知的新菌种,现在对其进行16S rDNA扩增,已经送去测序,不知道得到基因序列后应该怎么利用Genbank对其进行16S rDNA基因序列核苷酸同源性比较?然后使用MEGA 2.1中的Neighbor Joining法绘制系统发育进化树。求教各位有经验的虫子!

因为是毫无经验的虫子,希望说的越详细越好。

实验卡在这里了,急求解决的办法,不胜感激!
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陈思容

铜虫 (正式写手)

★ ★ ★
hj122(金币+3,VIP+0):非常感谢你的帮助,谢谢! 12-9 14:51
测序结果到NCBI上面Blast,选取得分比较高的、相同和不同种属的比对结果,用Clustalx比较,让后用Phylip做进化树软件,当然,还有Mega进化树软件等可以使用,不过我们实验室都用前面一个做的
13楼2009-12-09 11:06:25
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qiang84zhang

银虫 (正式写手)

★ ★ ★ ★
1949stone(金币+2,VIP+0):可以详细说说 12-7 19:15
hj122(金币+2,VIP+0): 12-7 21:23
我们实验室有做这个的,还发了文章。回头帮你问问,好像是用个软件,不是很复杂的!
2楼2009-12-07 17:49:23
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hj122

金虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by qiang84zhang at 2009-12-7 17:49:
我们实验室有做这个的,还发了文章。回头帮你问问,好像是用个软件,不是很复杂的!

静候佳音!!
3楼2009-12-07 21:24:17
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liuyanyy

新虫 (正式写手)

★ ★ ★ ★ ★
hj122(金币+5,VIP+0):谢谢,有什么不懂的希望可以再请教你! 12-7 21:54
测序结果放入NCBI比对,将与你的序列相似的序列下载,再用DNASTAR就可以作系统发育树.
4楼2009-12-07 21:52:45
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