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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 综合其他 » 【求助/交流】求助：新菌种如何建立系统发育树？
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hj122

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】求助：新菌种如何建立系统发育树？

在实验室通过分离纯化得到一个未知的新菌种，现在对其进行16S rDNA扩增，已经送去测序，不知道得到基因序列后应该怎么利用Genbank对其进行16S rDNA基因序列核苷酸同源性比较？然后使用MEGA 2.1中的Neighbor Joining法绘制系统发育进化树。求教各位有经验的虫子！

因为是毫无经验的虫子，希望说的越详细越好。

实验卡在这里了，急求解决的办法，不胜感激！
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1楼 2009-12-07 16:06:41
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陈思容

铜虫 (正式写手)
★ ★ ★
hj122(金币+3,VIP+0):非常感谢你的帮助，谢谢！ 12-9 14:51
测序结果到NCBI上面Blast,选取得分比较高的、相同和不同种属的比对结果，用Clustalx比较，让后用Phylip做进化树软件，当然,还有Mega进化树软件等可以使用，不过我们实验室都用前面一个做的
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13楼2009-12-09 11:06:25
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qiang84zhang

银虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★
1949stone(金币+2,VIP+0):可以详细说说 12-7 19:15
hj122(金币+2,VIP+0): 12-7 21:23
我们实验室有做这个的，还发了文章。回头帮你问问，好像是用个软件，不是很复杂的！
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2楼2009-12-07 17:49:23
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hj122

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by qiang84zhang at 2009-12-7 17:49:
我们实验室有做这个的，还发了文章。回头帮你问问，好像是用个软件，不是很复杂的！

静候佳音！！
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3楼2009-12-07 21:24:17
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liuyanyy

新虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★
hj122(金币+5,VIP+0):谢谢，有什么不懂的希望可以再请教你！ 12-7 21:54
测序结果放入NCBI比对,将与你的序列相似的序列下载,再用DNASTAR就可以作系统发育树.
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4楼2009-12-07 21:52:45
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