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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 材料区 » 晶体 » 晶体解析 » 氢原子和苯环不共面，如何在res文件中做限制？
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Inorg@USF

木虫 (正式写手)

[交流] 氢原子和苯环不共面，如何在res文件中做限制？

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There is a will,there is a way.
1楼2009-12-02 06:20:02
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dongyang5028

金虫 (正式写手)
顶顶，我也想知道
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2楼2009-12-02 08:28:19
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xi2004

至尊木虫 (职业作家)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
eeqeeq0002(金币+1,VIP+0):谢谢 参与 12-2 17:51
C原子共面了,H自然也共面了.
AFIX 66就挺好
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xi2004-emuch@163.com
3楼2009-12-02 08:49:43
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Inorg@USF

木虫 (正式写手)
谢谢您。

试试了把原来的AFIX 12 改成 AFIX 66， refine的时候出错。哈哈，又改用flat命令做了限制。那个H还是歪向一边，后来grow了一下，哈，原来那是一个无用的残峰。删了就好啦。唉，silly啊。

还有个问题请教您：我的guest molecu是DMF，可是不知道为什么 最后定下来的GM是一个N原子中心和一个C，两个醛基连接的分子构型。我困惑了，难道是DMF中的醛基CHO无序啦？ 把最后refine 的DMF结果节选如下，请您分析一下。谢谢！

DMF化学式: (CH3)2-N-CHO

该结构中分子化学式： C(10)H3-N(4)-(C(11)HO(3))2

C10   1    0.500000    0.212445    0.250000    10.50000    0.05148    0.02946 =
         0.03196    0.00000    0.02282    0.00000
AFIX 137
H10A  2    0.526737    0.182665    0.211998    10.50000   -1.50000
H10B  2    0.430647    0.182665    0.236001    10.50000   -1.50000
H10C  2    0.542616    0.182665    0.302001    10.50000   -1.50000
AFIX   0
C11   1    0.532637    0.409438    0.197246    11.00000    0.04554    0.02261 =
         0.03717    0.00390    0.02542    0.00396
H11   2    0.568576    0.357011    0.173506    11.00000    0.07765
N4    3    0.500000    0.346967    0.250000    10.50000    0.02565    0.02662 =
         0.03143    0.00000    0.01509    0.00000
O3    4    0.535328    0.519472    0.192540    11.00000    0.11588    0.13332 =
         0.10308   -0.00367    0.06282    0.00126
引用回帖:
Originally posted by xi2004 at 2009-12-2 08:49:
C原子共面了,H自然也共面了.
AFIX 66就挺好

[ Last edited by Inorg@USF on 2009-12-2 at 15:40 ]
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There is a will,there is a way.
4楼2009-12-02 15:38:14
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xi2004

至尊木虫 (职业作家)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
[quote]Originally posted by Inorg@USF at 2009-12-2 15:38:
谢谢您。

试试了把原来的AFIX 12 改成 AFIX 66， refine的时候出错。哈哈，又改用flat命令做了限制。那个H还是歪向一边，后来grow了一下，哈，原来那是一个无用的残峰。删了就好啦。唉，silly啊。




AFIX 12不对啊, 苯环难道不是AFIX 43吗?
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xi2004-emuch@163.com
5楼2009-12-02 15:49:29
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xi2004

至尊木虫 (职业作家)
DMF化学式: (CH3)2-N-CHO

该结构中分子化学式： C(10)H3-N(4)-(C(11)HO(3))2

C10   1    0.500000    0.212445    0.250000    10.50000    0.05148    0.02946 =
         0.03196    0.00000    0.02282    0.00000
AFIX 137
H10A  2    0.526737    0.182665    0.211998    10.50000   -1.50000
H10B  2    0.430647    0.182665    0.236001    10.50000   -1.50000
H10C  2    0.542616    0.182665    0.302001    10.50000   -1.50000
AFIX   0
C11   1    0.532637    0.409438    0.197246    11.00000    0.04554    0.02261 =
         0.03717    0.00390    0.02542    0.00396
H11   2    0.568576    0.357011    0.173506    11.00000    0.07765
N4    3    0.500000    0.346967    0.250000    10.50000    0.02565    0.02662 =
         0.03143    0.00000    0.01509    0.00000
O3    4    0.535328    0.519472    0.192540    11.00000    0.11588    0.13332 =
         0.10308   -0.00367    0.06282    0.00126


把C11A长出来, 改名为C12,
然后 C12, O, C11的占有率都改为0.5, 试试看.
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xi2004-emuch@163.com
6楼2009-12-02 15:51:50
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Inorg@USF

木虫 (正式写手)
您的意思是grow一下，把长出来的C11A改成C12？ 可是trim后，这个对称操作出来的C12就又消失了啊。

我试着直接把C11和O3改成10.50000，xl后问题依旧。

而且忘了说了，那个C(10)H3, grow后，每个H都有个对称H生成，所以，无论是grow还是pack，结果不是CH3,而是C(10)H6. 郁闷啊。 感觉在整个结构单元中，这个“DMF”是有对称面的。可是我用platon查看了一下对称性，没有推荐。

谢谢！
引用回帖:
Originally posted by xi2004 at 2009-12-2 15:51:
DMF化学式: (CH3)2-N-CHO

该结构中分子化学式： C(10)H3-N(4)-(C(11)HO(3))2

C10   1    0.500000    0.212445    0.250000    10.50000    0.05148    0.02946 =
         0.03196    0.00000    0.02282 ...

[ Last edited by Inorg@USF on 2009-12-2 at 16:58 ]
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7楼2009-12-02 16:52:57
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xi2004

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这完全是无序问题.
按我说的, 应该是一个合理的DMF.
C10 有6个H, 那么可能他不是C, 注意它和其它分字的距离合理否?

trim啥意思.
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xi2004-emuch@163.com
8楼2009-12-02 17:14:54
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Inorg@USF

木虫 (正式写手)
C10-N4 的bond length是1.455，貌似是合理的。

我是用XSHELL精修结构的，trim是一个右键功能，类似于XP中的fuse

我试试在XP下做一下吧。

[ Last edited by Inorg@USF on 2009-12-2 at 17:34 ]
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9楼2009-12-02 17:28:45
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Inorg@USF

木虫 (正式写手)
您的意思是grow后直接把C11A rename 为C12么？ 那在XP里fuse后不是也消失了么？ 是不是就不fuse，直接file文件再XL？
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10楼2009-12-02 17:32:58
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