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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 材料区 » 晶体 » 晶体解析 » 氢原子和苯环不共面，如何在res文件中做限制？
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xi2004

至尊木虫 (职业作家)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
为何要fuse呢?
这种情况不要fuse或trim
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xi2004-emuch@163.com
11楼2009-12-02 18:05:51
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Inorg@USF

木虫 (正式写手)
不好意思，在下实在是愚钝。
在Xshell里，您也知道，可以grow，不trim，但是save的时候，会自动存为trim后的数据。 所以，即使把C11A改成C12也不能出现在最后的保存文件里。

如果用XP的话，我不是非常了解，可以是实现这样的保存么？
引用回帖:
Originally posted by xi2004 at 2009-12-2 18:05:
为何要fuse呢?
这种情况不要fuse或trim

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There is a will,there is a way.
12楼2009-12-02 21:48:49
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xi2004

至尊木虫 (职业作家)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
XP中当然可以.
xshell我不了解.
那你还可以手工在.ins中添加啊.
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xi2004-emuch@163.com
13楼2009-12-02 22:01:50
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Inorg@USF

木虫 (正式写手)
好，我试试吧，我现在确认一下，是不是这样？

.........

C11 1   0.532637    0.409438    0.197246    10.50000
C12 1   0.467363    0.409438    0.302754    10.50000

.........

O3  4   0.535328    0.519472    0.192540    10.50000   

.........

一晚上没睡，要洗澡上班啦！回头再向您请教。
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There is a will,there is a way.
14楼2009-12-02 22:14:15
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xi2004

至尊木虫 (职业作家)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
应该是, 你可以把C12的坐标稍微修改一下, 免得完全和C11对称.

然后可能要限制一下键长
DFIX
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xi2004-emuch@163.com
15楼2009-12-02 22:19:44
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Inorg@USF

木虫 (正式写手)
呵呵，还是忍不住试试了，在ins中做了如上修改，XL, grow后问题依旧，O原子还是在两个位置上，C11,C12离得特别近。

我在想是不是可以限定O原子就固定在C11 或 C12啊？
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There is a will,there is a way.
16楼2009-12-02 22:21:41
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xi2004

至尊木虫 (职业作家)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
你是没有明白此处无序的意思.

由于对称的关系, O3必然要对称出另一个O3A,
但请注意O3的占有率是50%, 就是说O3A是可以忽略掉, 当作空位的.

或许你可以降低到非心的空间群去, 看看能不能找到一个完整的DMF
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xi2004-emuch@163.com
17楼2009-12-02 23:11:44
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Inorg@USF

木虫 (正式写手)
非常感谢您的帮助！

我重新选择了无心的Cc空间群，很顺利的找到完整的DMF，没有无序。每个氢原子在electric recidule map中都可以找到。

一晚上的功夫没有白费。
引用回帖:
Originally posted by xi2004 at 2009-12-2 23:11:
你是没有明白此处无序的意思.

由于对称的关系, O3必然要对称出另一个O3A,
但请注意O3的占有率是50%, 就是说O3A是可以忽略掉, 当作空位的.

或许你可以降低到非心的空间群去, 看看能不能找到一个完整的DMF

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There is a will,there is a way.
18楼2009-12-03 01:08:03
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Inorg@USF

木虫 (正式写手)
xi2004 老师：

DMF的问题解决啦。但是新的问题出现啦。由于选定了Cc空间群，platon建议C2/c。而且每轮精修后，都有一句提示：Possible racemic twinning or wrong absolute structure - try TWIN refinement。 看看了相关文章，加了句命令

TWIN -1  0  0    0  -1  0    0  0  -1    2

提示倒是消失了，但是不知道该命令加的对不对？

check cif 后有几个A alert：

Alert level A
SHFSU01_ALERT_2_A  The absolute value of parameter shift to su ratio > 0.20
            Absolute value of the parameter shift to su ratio given   0.803
            Additional refinement cycles may be required.
PLAT057_ALERT_3_A Correction for Absorption Required   RT(exp) ...       1.32      
PLAT080_ALERT_2_A Maximum Shift/Error ............................       0.80      
PLAT211_ALERT_2_A ADP of Atom C16     is NPD .....................          ?     
PLAT213_ALERT_2_A Atom N6              has ADP max/min Ratio .....       6.50 oblat
PLAT213_ALERT_2_A Atom C2              has ADP max/min Ratio .....       6.50 oblat
PLAT213_ALERT_2_A Atom C7              has ADP max/min Ratio .....       6.30 prola
PLAT213_ALERT_2_A Atom C14             has ADP max/min Ratio .....      11.30 oblat
--------------------------------------------------------------------------------

Alert level B
PLAT029_ALERT_3_B _diffrn_measured_fraction_theta_full Low .......       0.95      
PLAT111_ALERT_2_B ADDSYM Detects (Pseudo) Centre of Symmetry .....         97 PerFi
PLAT113_ALERT_2_B ADDSYM Suggests Possible Pseudo/New Space-group.       C2/c     
PLAT213_ALERT_2_B Atom C6              has ADP max/min Ratio .....       5.00 oblat
PLAT213_ALERT_2_B Atom C11             has ADP max/min Ratio .....       4.40 prola
PLAT213_ALERT_2_B Atom C12             has ADP max/min Ratio .....       5.00 prola


感觉就是应该没有精修到收敛。 可是计算前后的权重已经一样的啊？ 如下是我最后一轮的XL，请老师指点：

Read instructions and data
Data:    6728 unique,      0 suppressed   R(int) = 0.0509   R(sigma) = 0.0480
Systematic absence violations:    0    Bad equivalents:    0
wR2 =  0.0684 before cycle   1 for   6728 data and   336 /   336 parameters
GooF = S =     1.016;     Restrained GooF =      1.016  for      2 restraints
Mean shift/esd =   0.249    Maximum =   1.228 for  U33 C4         at 14:00:39
Max. shift = 0.021 A for H30A      Max. dU = 0.002 for C14
wR2 =  0.0685 before cycle   2 for   6728 data and   336 /   336 parameters
GooF = S =     1.017;     Restrained GooF =      1.017  for      2 restraints
Mean shift/esd =   0.327    Maximum =   1.554 for  U33 C3         at 14:00:40
Max. shift = 0.024 A for H30A      Max. dU =-0.003 for C14
wR2 =  0.0685 before cycle   3 for   6728 data and   336 /   336 parameters
GooF = S =     1.017;     Restrained GooF =      1.016  for      2 restraints
Mean shift/esd =   0.298    Maximum =   1.465 for  U33 C4         at 14:00:42
Max. shift = 0.023 A for H30A      Max. dU = 0.003 for C14
wR2 =  0.0685 before cycle   4 for   6728 data and   336 /   336 parameters
GooF = S =     1.017;     Restrained GooF =      1.016  for      2 restraints
Mean shift/esd =   0.216    Maximum =   0.898 for  U33 C3         at 14:00:44
Max. shift = 0.019 A for H30A      Max. dU =-0.002 for C14
wR2 =  0.0685 before cycle   5 for   6728 data and     2 /   336 parameters
GooF = S =     1.016;     Restrained GooF =      1.016  for      2 restraints
R1 =  0.0305 for   5462 Fo > 4sig(Fo)  and  0.0442 for all   6728 data
wR2 =  0.0685,  GooF = S =   1.016,  Restrained GooF =    1.016  for all data
R1 =  0.0358 for   3586 unique reflections after merging for Fourier
Highest peak    0.79  at  0.0843  0.5437  0.1594  [  0.90 A from CD1 ]
Deepest hole   -0.87  at  0.3062  0.9624  0.0540  [  0.85 A from CD2 ]
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There is a will,there is a way.
19楼2009-12-03 04:01:50
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Inorg@USF

木虫 (正式写手)
另外，查看lst文件是，有如下提醒，相干么？


Principal mean square atomic displacements U

   0.0247   0.0146  -0.0004   C6   ** NON POSITIVE DEFINITE **
   0.0248   0.0099  -0.0045   C16   ** NON POSITIVE DEFINITE **
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There is a will,there is a way.
20楼2009-12-03 04:07:10
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