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Inorg@USF木虫 (正式写手)
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氢原子和苯环不共面，如何在res文件中做限制？
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dongyang5028
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2楼2009-12-02 08:28:19
xi2004
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3楼2009-12-02 08:49:43
Inorg@USF
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谢谢您。 试试了把原来的AFIX 12 改成 AFIX 66， refine的时候出错。哈哈，又改用flat命令做了限制。那个H还是歪向一边，后来grow了一下，哈，原来那是一个无用的残峰。删了就好啦。唉，silly啊。 还有个问题请教您：我的guest molecu是DMF，可是不知道为什么 最后定下来的GM是一个N原子中心和一个C，两个醛基连接的分子构型。我困惑了，难道是DMF中的醛基CHO无序啦？ 把最后refine 的DMF结果节选如下，请您分析一下。谢谢！ DMF化学式: (CH3)2-N-CHO 该结构中分子化学式： C(10)H3-N(4)-(C(11)HO(3))2 C10 1 0.500000 0.212445 0.250000 10.50000 0.05148 0.02946 = 0.03196 0.00000 0.02282 0.00000 AFIX 137 H10A 2 0.526737 0.182665 0.211998 10.50000 -1.50000 H10B 2 0.430647 0.182665 0.236001 10.50000 -1.50000 H10C 2 0.542616 0.182665 0.302001 10.50000 -1.50000 AFIX 0 C11 1 0.532637 0.409438 0.197246 11.00000 0.04554 0.02261 = 0.03717 0.00390 0.02542 0.00396 H11 2 0.568576 0.357011 0.173506 11.00000 0.07765 N4 3 0.500000 0.346967 0.250000 10.50000 0.02565 0.02662 = 0.03143 0.00000 0.01509 0.00000 O3 4 0.535328 0.519472 0.192540 11.00000 0.11588 0.13332 = 0.10308 -0.00367 0.06282 0.00126 [ Last edited by Inorg@USF on 2009-12-2 at 15:40 ] |
4楼2009-12-02 15:38:14
xi2004
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5楼2009-12-02 15:49:29
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DMF化学式: (CH3)2-N-CHO 该结构中分子化学式： C(10)H3-N(4)-(C(11)HO(3))2 C10 1 0.500000 0.212445 0.250000 10.50000 0.05148 0.02946 = 0.03196 0.00000 0.02282 0.00000 AFIX 137 H10A 2 0.526737 0.182665 0.211998 10.50000 -1.50000 H10B 2 0.430647 0.182665 0.236001 10.50000 -1.50000 H10C 2 0.542616 0.182665 0.302001 10.50000 -1.50000 AFIX 0 C11 1 0.532637 0.409438 0.197246 11.00000 0.04554 0.02261 = 0.03717 0.00390 0.02542 0.00396 H11 2 0.568576 0.357011 0.173506 11.00000 0.07765 N4 3 0.500000 0.346967 0.250000 10.50000 0.02565 0.02662 = 0.03143 0.00000 0.01509 0.00000 O3 4 0.535328 0.519472 0.192540 11.00000 0.11588 0.13332 = 0.10308 -0.00367 0.06282 0.00126 把C11A长出来, 改名为C12, 然后 C12, O, C11的占有率都改为0.5, 试试看. |
6楼2009-12-02 15:51:50
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