24小时热门版块排行榜    

查看: 1033  |  回复: 22
当前主题已经存档。
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

Inorg@USF

木虫 (正式写手)

[交流] 氢原子和苯环不共面,如何在res文件中做限制?

RT & Thanks a lot
回复此楼
There is a will,there is a way.
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Inorg@USF

木虫 (正式写手)

您的意思是grow一下,把长出来的C11A改成C12? 可是trim后,这个对称操作出来的C12就又消失了啊。

我试着直接把C11和O3改成10.50000,xl后问题依旧。

而且忘了说了,那个C(10)H3, grow后,每个H都有个对称H生成,所以,无论是grow还是pack,结果不是CH3,而是C(10)H6. 郁闷啊。 感觉在整个结构单元中,这个“DMF”是有对称面的。可是我用platon查看了一下对称性,没有推荐。

谢谢!
引用回帖:
Originally posted by xi2004 at 2009-12-2 15:51:
DMF化学式: (CH3)2-N-CHO

该结构中分子化学式: C(10)H3-N(4)-(C(11)HO(3))2

C10   1    0.500000    0.212445    0.250000    10.50000    0.05148    0.02946 =
         0.03196    0.00000    0.02282 ...

[ Last edited by Inorg@USF on 2009-12-2 at 16:58 ]
There is a will,there is a way.
7楼2009-12-02 16:52:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 23 个回答

dongyang5028

金虫 (正式写手)

顶顶,我也想知道
2楼2009-12-02 08:28:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xi2004

至尊木虫 (职业作家)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
eeqeeq0002(金币+1,VIP+0):谢谢 参与 12-2 17:51
C原子共面了,H自然也共面了.
AFIX 66就挺好
xi2004-emuch@163.com
3楼2009-12-02 08:49:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Inorg@USF

木虫 (正式写手)

谢谢您。

试试了把原来的AFIX 12 改成 AFIX 66, refine的时候出错。哈哈,又改用flat命令做了限制。那个H还是歪向一边,后来grow了一下,哈,原来那是一个无用的残峰。删了就好啦。唉,silly啊。

还有个问题请教您:我的guest molecu是DMF,可是不知道为什么 最后定下来的GM是一个N原子中心和一个C,两个醛基连接的分子构型。我困惑了,难道是DMF中的醛基CHO无序啦? 把最后refine 的DMF结果节选如下,请您分析一下。谢谢!

DMF化学式: (CH3)2-N-CHO

该结构中分子化学式: C(10)H3-N(4)-(C(11)HO(3))2

C10   1    0.500000    0.212445    0.250000    10.50000    0.05148    0.02946 =
         0.03196    0.00000    0.02282    0.00000
AFIX 137
H10A  2    0.526737    0.182665    0.211998    10.50000   -1.50000
H10B  2    0.430647    0.182665    0.236001    10.50000   -1.50000
H10C  2    0.542616    0.182665    0.302001    10.50000   -1.50000
AFIX   0
C11   1    0.532637    0.409438    0.197246    11.00000    0.04554    0.02261 =
         0.03717    0.00390    0.02542    0.00396
H11   2    0.568576    0.357011    0.173506    11.00000    0.07765
N4    3    0.500000    0.346967    0.250000    10.50000    0.02565    0.02662 =
         0.03143    0.00000    0.01509    0.00000
O3    4    0.535328    0.519472    0.192540    11.00000    0.11588    0.13332 =
         0.10308   -0.00367    0.06282    0.00126
引用回帖:
Originally posted by xi2004 at 2009-12-2 08:49:
C原子共面了,H自然也共面了.
AFIX 66就挺好

[ Last edited by Inorg@USF on 2009-12-2 at 15:40 ]
There is a will,there is a way.
4楼2009-12-02 15:38:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[找工作] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +4 ZYXdhzDAy9ZX 2026-09-28 4/200 2026-09-29 16:54 by yCO1Ll7aHtsw
[考研] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 ZYXdhzDAy9ZX 2026-09-28 4/200 2026-09-29 16:37 by etmYJ6d2rquH
[博后之家] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 ZYXdhzDAy9ZX 2026-09-28 3/150 2026-09-29 16:30 by etmYJ6d2rquH
[硕博家园] 售SCI文章,我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 ZYXdhzDAy9ZX 2026-09-28 3/150 2026-09-29 16:03 by etmYJ6d2rquH
[考博] 售一区SCI文章T0P,我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 tqUTOxClQUMF 2026-09-28 3/150 2026-09-29 15:46 by etmYJ6d2rquH
[论文投稿] 售SCI文章,我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 tqUTOxClQUMF 2026-09-28 4/200 2026-09-29 15:15 by etmYJ6d2rquH
[博后之家] 售SCI文章,我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 tqUTOxClQUMF 2026-09-28 3/150 2026-09-29 15:04 by etmYJ6d2rquH
[考博] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +6 GDBe8tDZqE8z 2026-09-28 6/300 2026-09-29 14:41 by etmYJ6d2rquH
[考研] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 CfXuS1rDhLYN 2026-09-28 3/150 2026-09-29 14:24 by etmYJ6d2rquH
[博后之家] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +6 IDs3scOF0tjC 2026-09-28 7/350 2026-09-29 14:07 by etmYJ6d2rquH
[公派出国] 售一区SCI文章T0P,我:8O.551.O54,科目全,可十急 +4 IDs3scOF0tjC 2026-09-28 5/250 2026-09-29 13:50 by etmYJ6d2rquH
[考研] 售一区SCI文章T0P,我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 tqUTOxClQUMF 2026-09-28 3/150 2026-09-29 09:59 by JzYBbHIXWSrW
[教师之家] 售一区SCI文章T0P,我:8O.551.O54,科目全,可十急 +4 GDBe8tDZqE8z 2026-09-28 4/200 2026-09-29 09:49 by JzYBbHIXWSrW
[考研] 售SCI一区文章,我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 ZYXdhzDAy9ZX 2026-09-28 3/150 2026-09-29 06:42 by ZvyPK8n6Nfki
[找工作] 售SCI一区文章,我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 ZYXdhzDAy9ZX 2026-09-28 3/150 2026-09-29 06:28 by ZvyPK8n6Nfki
[有机交流] 同一个分子,一条来自文献,一条来自AI——不告诉你答案,你会选哪条? +3 tianxiaoxian 2026-09-28 6/300 2026-09-28 22:44 by tianxiaoxian
[找工作] 售SCI文章,我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 IDs3scOF0tjC 2026-09-28 5/250 2026-09-28 22:32 by ez6fGg9abYaj
[考博] 售SCI文章,我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 IDs3scOF0tjC 2026-09-28 6/300 2026-09-28 22:15 by ez6fGg9abYaj
[论文投稿] 售SCI文章,我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 CfXuS1rDhLYN 2026-09-28 3/150 2026-09-28 19:08 by 9lS3ad5oOymn
[考研] 售一区SCI文章T0P,我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 IDs3scOF0tjC 2026-09-28 4/200 2026-09-28 18:51 by 9lS3ad5oOymn
信息提示
请填处理意见