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xunyu

至尊木虫 (职业作家)

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[交流] 【求助】求助简单分子长度计算

偶在分子模拟版区发帖求助，无人应助，特在此重新发帖
http://www.muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1674669&fpage=1
请应助虫友同时应助另一帖，同时奉送金币。
不胜感激

诸位虫友大家好！
偶对量化计算几乎一窍不通，请诸位高手帮忙计算一下一个分子的长宽高等参数。偶在Chemoffice中画了个该分子的球棍模型并优化了，只是想做一个简单的示意图并标注分子长宽高等参数。
请诸位高手帮忙，不胜感激。

某文献中有如下一段，请参考:

引用回帖:

采用Gauss 98程序B3 LYP/6-31G密度泛函法优化法计算的分子长度、宽度及厚度分别为0.88、0.53和0.46 nm。

分子名称：DTPA ，Diethylenetriaminepentaacetic acid
CAS No： 67-43-6
图片如下

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1楼2009-11-18 16:16:26

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高驹

至尊木虫 (职业作家)

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★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流

引用回帖:

Originally posted by yjcmwgk at 2009-11-19 11:41:18:
PM6优化：
这个分子大约是1.4nm*0.7nm*0.6nm

你把下面的文字，复制进txt文件中，用英文起名，扩展名改成mol，然后用Chem3D打开这个文件就行了
==mol文件开始==

lslsls ...

在chemdraw里面操作的具体方法是什么，能相告一下吗，谢谢。画一个别的分子式，用哪个工具可以得到其长度呢。

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小木虫是我的五分之一。

3楼2010-03-13 11:10:42

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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

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管辖: 科研工具资源

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
xunyu(金币+10,VIP+0):谢谢版主！ 11-19 12:54

PM6优化：
这个分子大约是1.4nm*0.7nm*0.6nm

你把下面的文字，复制进txt文件中，用英文起名，扩展名改成mol，然后用Chem3D打开这个文件就行了
==mol文件开始==

lslslslslsls

Created by GaussView 4.1.2
47 46  0  0  0  0  0  0  0  0  0 0
1.0484 8.4437 3.2715 N 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
-0.2437 8.8223 3.7584 C 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
-0.8834 9.7887 3.0425 O 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
-1.8516 10.0557 3.4279 H 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
-0.7347 8.3921 4.7739 O 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
1.3149 8.3666 1.8192 C 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
2.2700 7.8291 1.6312 H 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
0.5294 7.7696 1.2596 H 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
1.3747 9.7838 1.2046 C 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
2.2965 10.3205 1.5089 H 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
0.4971 10.4138 1.6488 H 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
1.7768 7.4598 4.1171 C 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
2.2732 6.6778 3.5170 H 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
1.0426 6.9015 4.8031 H 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
2.7785 8.2030 5.0242 C 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
3.7335 8.3841 4.4958 H 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
2.3857 9.2070 5.2980 H 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
1.3348 9.6742 -0.2785 N 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
3.0679 7.3453 6.2235 N 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
0.1611 8.8962 -0.7578 C 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
-0.8041 9.5278 -0.8427 H 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
-0.0715 8.0868 0.0105 H 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
1.8062 6.9412 6.9141 C 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
1.3975 7.6980 7.6203 H 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
0.9972 6.8047 6.1094 H 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
4.0338 7.9841 7.1421 C 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
4.2076 7.2908 8.0113 H 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
5.0266 8.0222 6.6344 H 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
1.4451 10.9851 -0.9589 C 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
1.5129 10.7649 -2.0931 H 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
2.4412 11.4311 -0.7224 H 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
0.4521 8.2228 -2.1003 C 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
0.3552 12.0293 -0.7068 C 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
3.7305 9.3556 7.7070 C 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
2.0411 5.6161 7.5941 C 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
0.9930 8.9959 -3.0862 O 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
1.1740 8.4851 -3.9896 H 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
-0.9381 11.5893 -0.6788 O 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
-1.6668 12.3395 -0.5017 H 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
2.3996 9.6907 7.5976 O 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
2.1918 10.5785 7.9962 H 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
2.7978 5.7843 8.7364 O 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
2.9675 4.9305 9.2143 H 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
0.5637 13.1981 -0.5364 O 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
4.5016 10.1295 8.2178 O 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
1.6493 4.5188 7.2906 O 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
0.1769 7.0815 -2.3469 O 0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  1  2  1  0  0  0  0
  1  6  1  0  0  0  0
  1 12  1  0  0  0  0
  2  3  1  0  0  0  0
  2  5  2  0  0  0  0
  3  4  1  0  0  0  0
  6  7  1  0  0  0  0
  6  8  1  0  0  0  0
  6  9  1  0  0  0  0
  9 10  1  0  0  0  0
  9 11  1  0  0  0  0
  9 18  1  0  0  0  0
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38 39  1  0  0  0  0
40 41  1  0  0  0  0
42 43  1  0  0  0  0

==mol文件结束==

[ Last edited by yjcmwgk on 2009-11-19 at 11:44 ]

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2楼2009-11-19 11:41:18

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