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xunyu至尊木虫 (职业作家)
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【求助】求助简单分子长度计算
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偶在分子模拟版区发帖求助，无人应助，特在此重新发帖 http://www.muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1674669&fpage=1 请应助虫友同时应助另一帖，同时奉送金币。 不胜感激 诸位虫友大家好！ 偶对量化计算几乎一窍不通，请诸位高手帮忙计算一下一个分子的长 宽 高等参数。偶在Chemoffice中画了个该分子的球棍模型并优化了，只是想做一个简单的示意图并标注分子长宽高等参数。 请诸位高手帮忙，不胜感激。 某文献中有如下一段，请参考: 分子名称：DTPA ，Diethylenetriaminepentaacetic acid CAS No： 67-43-6 图片如下  |
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yjcmwgk
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xunyu(金币+10,VIP+0):谢谢版主！ 11-19 12:54
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PM6优化： 这个分子大约是1.4nm*0.7nm*0.6nm 你把下面的文字，复制进txt文件中，用英文起名，扩展名改成mol，然后用Chem3D打开这个文件就行了 ==mol文件开始== lslslslslsls Created by GaussView 4.1.2 47 46 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.0484 8.4437 3.2715 N 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -0.2437 8.8223 3.7584 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -0.8834 9.7887 3.0425 O 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -1.8516 10.0557 3.4279 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -0.7347 8.3921 4.7739 O 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.3149 8.3666 1.8192 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.2700 7.8291 1.6312 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.5294 7.7696 1.2596 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.3747 9.7838 1.2046 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.2965 10.3205 1.5089 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.4971 10.4138 1.6488 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.7768 7.4598 4.1171 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.2732 6.6778 3.5170 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.0426 6.9015 4.8031 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.7785 8.2030 5.0242 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3.7335 8.3841 4.4958 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.3857 9.2070 5.2980 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.3348 9.6742 -0.2785 N 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3.0679 7.3453 6.2235 N 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.1611 8.8962 -0.7578 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -0.8041 9.5278 -0.8427 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -0.0715 8.0868 0.0105 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.8062 6.9412 6.9141 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.3975 7.6980 7.6203 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.9972 6.8047 6.1094 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4.0338 7.9841 7.1421 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4.2076 7.2908 8.0113 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5.0266 8.0222 6.6344 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.4451 10.9851 -0.9589 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.5129 10.7649 -2.0931 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.4412 11.4311 -0.7224 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.4521 8.2228 -2.1003 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.3552 12.0293 -0.7068 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3.7305 9.3556 7.7070 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.0411 5.6161 7.5941 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.9930 8.9959 -3.0862 O 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.1740 8.4851 -3.9896 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -0.9381 11.5893 -0.6788 O 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -1.6668 12.3395 -0.5017 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.3996 9.6907 7.5976 O 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.1918 10.5785 7.9962 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.7978 5.7843 8.7364 O 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.9675 4.9305 9.2143 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.5637 13.1981 -0.5364 O 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4.5016 10.1295 8.2178 O 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.6493 4.5188 7.2906 O 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.1769 7.0815 -2.3469 O 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 2 1 0 0 0 0 1 6 1 0 0 0 0 1 12 1 0 0 0 0 2 3 1 0 0 0 0 2 5 2 0 0 0 0 3 4 1 0 0 0 0 6 7 1 0 0 0 0 6 8 1 0 0 0 0 6 9 1 0 0 0 0 9 10 1 0 0 0 0 9 11 1 0 0 0 0 9 18 1 0 0 0 0 12 13 1 0 0 0 0 12 14 1 0 0 0 0 12 15 1 0 0 0 0 15 16 1 0 0 0 0 15 17 1 0 0 0 0 15 19 1 0 0 0 0 18 20 1 0 0 0 0 18 29 1 0 0 0 0 19 23 1 0 0 0 0 19 26 1 0 0 0 0 20 21 1 0 0 0 0 20 22 1 0 0 0 0 20 32 1 0 0 0 0 23 24 1 0 0 0 0 23 25 1 0 0 0 0 23 35 1 0 0 0 0 26 27 1 0 0 0 0 26 28 1 0 0 0 0 26 34 1 0 0 0 0 29 30 1 0 0 0 0 29 31 1 0 0 0 0 29 33 1 0 0 0 0 32 36 1 0 0 0 0 32 47 2 0 0 0 0 33 38 1 0 0 0 0 33 44 2 0 0 0 0 34 40 1 0 0 0 0 34 45 2 0 0 0 0 35 42 1 0 0 0 0 35 46 2 0 0 0 0 36 37 1 0 0 0 0 38 39 1 0 0 0 0 40 41 1 0 0 0 0 42 43 1 0 0 0 0 ==mol文件结束== [ Last edited by yjcmwgk on 2009-11-19 at 11:44 ] |
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