应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

CyRhmU.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » 其他 » 【求助】求助简单分子长度计算
51/1返回列表
查看: 426  |  回复: 4
只看楼主@他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前主题已经存档。
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

xunyu

至尊木虫 (职业作家)

[交流] 【求助】求助简单分子长度计算

偶在分子模拟版区发帖求助，无人应助，特在此重新发帖
http://www.muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1674669&fpage=1
请应助虫友同时应助另一帖，同时奉送金币。
不胜感激

诸位虫友大家好！
偶对量化计算几乎一窍不通，请诸位高手帮忙计算一下一个分子的长 宽 高等参数。偶在Chemoffice中画了个该分子的球棍模型并优化了，只是想做一个简单的示意图并标注分子长宽高等参数。
请诸位高手帮忙，不胜感激。

某文献中有如下一段，请参考:
引用回帖:
采用Gauss 98程序B3 LYP/6-31G密度泛函法优化法计算的分子长度、宽度及厚度分别为0.88、0.53和0.46 nm。

分子名称：DTPA ，Diethylenetriaminepentaacetic acid
CAS No： 67-43-6
图片如下
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
高度决定视野，角度改变观念，尺度把握人生
1楼2009-11-18 16:16:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by qzhaosdu at 2010-03-13 11:51:05:
偶也想知道，gaussian怎么样计算长宽高？难道是用各个方向上坐标的最大值和最小值想减得到的？

哈哈，您猜对了
不过有时候我会看情况，把两端的原子的范德华半径也加上去。其实就是出老千
赞一下(2人) 回复此楼
5楼2010-03-14 12:31:10
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 5 个回答

yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
xunyu(金币+10,VIP+0):谢谢版主！ 11-19 12:54
PM6优化：
这个分子大约是1.4nm*0.7nm*0.6nm

你把下面的文字，复制进txt文件中，用英文起名，扩展名改成mol，然后用Chem3D打开这个文件就行了
==mol文件开始==

lslslslslsls

Created by GaussView 4.1.2
47 46  0  0  0  0  0  0  0  0  0    0
    1.0484    8.4437    3.2715 N   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -0.2437    8.8223    3.7584 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -0.8834    9.7887    3.0425 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -1.8516   10.0557    3.4279 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -0.7347    8.3921    4.7739 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    1.3149    8.3666    1.8192 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    2.2700    7.8291    1.6312 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    0.5294    7.7696    1.2596 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    1.3747    9.7838    1.2046 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    2.2965   10.3205    1.5089 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    0.4971   10.4138    1.6488 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    1.7768    7.4598    4.1171 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    2.2732    6.6778    3.5170 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    1.0426    6.9015    4.8031 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    2.7785    8.2030    5.0242 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    3.7335    8.3841    4.4958 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    2.3857    9.2070    5.2980 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    1.3348    9.6742   -0.2785 N   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    3.0679    7.3453    6.2235 N   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    0.1611    8.8962   -0.7578 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -0.8041    9.5278   -0.8427 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -0.0715    8.0868    0.0105 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    1.8062    6.9412    6.9141 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    1.3975    7.6980    7.6203 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    0.9972    6.8047    6.1094 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    4.0338    7.9841    7.1421 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    4.2076    7.2908    8.0113 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    5.0266    8.0222    6.6344 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    1.4451   10.9851   -0.9589 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    1.5129   10.7649   -2.0931 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    2.4412   11.4311   -0.7224 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    0.4521    8.2228   -2.1003 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    0.3552   12.0293   -0.7068 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    3.7305    9.3556    7.7070 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    2.0411    5.6161    7.5941 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    0.9930    8.9959   -3.0862 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    1.1740    8.4851   -3.9896 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -0.9381   11.5893   -0.6788 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -1.6668   12.3395   -0.5017 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    2.3996    9.6907    7.5976 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    2.1918   10.5785    7.9962 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    2.7978    5.7843    8.7364 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    2.9675    4.9305    9.2143 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    0.5637   13.1981   -0.5364 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    4.5016   10.1295    8.2178 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    1.6493    4.5188    7.2906 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    0.1769    7.0815   -2.3469 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  1  2  1  0  0  0  0
  1  6  1  0  0  0  0
  1 12  1  0  0  0  0
  2  3  1  0  0  0  0
  2  5  2  0  0  0  0
  3  4  1  0  0  0  0
  6  7  1  0  0  0  0
  6  8  1  0  0  0  0
  6  9  1  0  0  0  0
  9 10  1  0  0  0  0
  9 11  1  0  0  0  0
  9 18  1  0  0  0  0
12 13  1  0  0  0  0
12 14  1  0  0  0  0
12 15  1  0  0  0  0
15 16  1  0  0  0  0
15 17  1  0  0  0  0
15 19  1  0  0  0  0
18 20  1  0  0  0  0
18 29  1  0  0  0  0
19 23  1  0  0  0  0
19 26  1  0  0  0  0
20 21  1  0  0  0  0
20 22  1  0  0  0  0
20 32  1  0  0  0  0
23 24  1  0  0  0  0
23 25  1  0  0  0  0
23 35  1  0  0  0  0
26 27  1  0  0  0  0
26 28  1  0  0  0  0
26 34  1  0  0  0  0
29 30  1  0  0  0  0
29 31  1  0  0  0  0
29 33  1  0  0  0  0
32 36  1  0  0  0  0
32 47  2  0  0  0  0
33 38  1  0  0  0  0
33 44  2  0  0  0  0
34 40  1  0  0  0  0
34 45  2  0  0  0  0
35 42  1  0  0  0  0
35 46  2  0  0  0  0
36 37  1  0  0  0  0
38 39  1  0  0  0  0
40 41  1  0  0  0  0
42 43  1  0  0  0  0

==mol文件结束==

[ Last edited by yjcmwgk on 2009-11-19 at 11:44 ]
赞一下(2人) 回复此楼
2楼2009-11-19 11:41:18
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

高驹

至尊木虫 (职业作家)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by yjcmwgk at 2009-11-19 11:41:18:
PM6优化：
这个分子大约是1.4nm*0.7nm*0.6nm

你把下面的文字，复制进txt文件中，用英文起名，扩展名改成mol，然后用Chem3D打开这个文件就行了
==mol文件开始==

lslsls ...

在chemdraw里面操作的具体方法是什么，能相告一下吗，谢谢。画一个别的分子式，用哪个工具可以得到其长度呢。
赞一下(1人) 回复此楼
小木虫是我的五分之一。
3楼2010-03-13 11:10:42
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qzhaosdu

金虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
偶也想知道，gaussian怎么样计算长宽高？难道是用各个方向上坐标的最大值和最小值想减得到的？
赞一下(1人) 回复此楼
Anewday,anewhour,anewminute,anewpeople.
4楼2010-03-13 11:51:05
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 5 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复(可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭