| 查看: 5520 | 回复: 12 | ||||||||
[交流]
【求助】如何计算有机小分子的三重态能级（T1-S0）？
|
|
看了论坛里很多大牛关于类似问题的回复，但是还是不知道在Gaussian中如何具体操作。拿最简单的吡啶环为例来说吧： 1.先优化基态的最低能量构型： # opt b3lyp/6-31+g(d) Charge = 0 Multiplicity = 1 2.接着计算三重态的所谓垂直激发能： # td=(triplets,nstates=3,root=1) b3lyp/6-31+g(d) Charge = 0 Multiplicity = 1 3.然后优化此三重态的最低能量构型： # opt b3lyp/6-31+g(d) Charge = 0 Multiplicity = 3 问题是第二步计算了三个三重态，此步优化的是不是这三个三重态呢？还是应该在第二步中只计算一个三重态，然后在此步中优化此三重态也就是我们需要的T1态呢？还有这一步中自旋多重度为3没有错误吧？引申一下，若是在第二步中计算了十个单重态（也即十个吸收峰，假设它们均存在），在此步中优化单重态的最低能量构型如何计算，自旋多重度也是3对吗？ 4.最关键一步，就是计算从最低能量构型的三重态回落到基态的过程，不知道如何计算？ 我知道对各位大牛来说，这是个最简单计算发射光谱（不论是荧光光谱还是磷光光谱）的事情，原理也就是F-C原理搞清楚了，计算应该没有问题，可是对我们菜鸟来说，这些具体的操作才是问题的关键，希望各位大牛能够耐心指点一下，而不是一句F-C原理了事，谢谢大家了！ 另外相关问题是：在计算类似问题时，我们这些非专业的人也就是用普通带XP的计算机算算而已，分子中要是有3到7个环左右（而这在有机合成中是非常常见的）时，可能光优化构型就得好几天，这中途要是碰上什么事情（停电、误操作等）停机了，就只能从头开始算，有没有什么办法能够接着上次终止的地方继续计算的，如何操作？我知道对各位专业人士来说这种事情无法想象，可国情如此，只好这么不专业地蛮干了。 |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 分子模拟要术 | 不懂计算 | 量子化学-第一性原理 | Gaussian |
| 量化学者 |
» 猜你喜欢
085404（计算机技术）293分 希望调剂到材料相关专业
已经有2人回复
-
085404（计算机技术）293分 希望调剂到材料相关专业
已经有1人回复
-
物理化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有218人回复
-
085404（计算机技术）293分 希望调剂到材料相关专业
已经有0人回复
-
已知面上挂了，小学校实验方向无平台，感觉太难了
已经有26人回复
-
求助各位大佬，球球了，在这科萨头
已经有0人回复
-
七嗪类物质合成求助
已经有0人回复
-
招生材料与化工、环境科学调剂研究生
已经有5人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 循环伏安法测有机聚合物 得到聚机物能级 的相关问题
已经有8人回复
- 双原子或三原子小分子的激发态能级和结构的database
已经有3人回复
- 什么样的有机染料在受到光激发后能够转变成长寿命的三重激发态？
已经有8人回复
- 怎么计算或者在哪可以查到有机染料的HOMO能级
已经有6人回复
- 怎么计算或者在哪可以查到有机染料的HOMO能级
已经有3人回复
- 静态计算还是态密度计算得到的femi能级更准确？？
已经有9人回复
- 【求助】ms中也搜寻过渡态，那ms能用来搜寻有机小分子催化的过渡态吗？
已经有5人回复
- 【求助】VASP怎样精确计算出费米能级处的态密度值？
已经有22人回复
- 【求助】问如何选择基组精确计算有机小分子结构和能量的问题
已经有5人回复
- 【求助】【求助】TNT 的HOMO，LUMO能级
已经有5人回复
- 【求助】电子态密度计算dos图中feimi能级的确定
已经有7人回复
- 【求助】环糊精对有机小分子包合的空间模拟怎么做
已经有12人回复
2楼2009-11-06 11:52:17
wuy069
铁杆木虫 (正式写手)
- 应助: 20 (小学生)
- 金币: 7921.9
- 散金: 15
- 红花: 10
- 帖子: 506
- 在线: 549.1小时
- 虫号: 760723
- 注册: 2009-04-30
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
★ ★ ★ ★ ★
xtdut(金币+5,VIP+0):非常感谢您的回复！ 11-6 13:11
xtdut(金币+5,VIP+0):非常感谢您的回复！ 11-6 13:11
|
首先你的3个步骤都是正确的。 第二步计算td，gaussian默认三个态，如果是对称性高的分子建议用 Largest Abelian subgroup 后的Nop 个数。为什么计算一个态需要用3个态或更多的态呢，那是因为求解这个态，需要用其它的态来对它就解。第2步，自旋多重度还是写1，因为垂直激发是基于基态的构型，所以电荷和自旋多重度都是基态的。 第3步，优化激发态的构型，电荷和自旋多重度当然需要激发态的，所以电荷和自旋多重度为0 3. 要想计算有机小分子的三重态能级（T1-S0），即是算激发态的发射，但是gaussian中没这么直接的，我们可以转换一下思路：要算发射，基于F-C原理，这时用优化好的激发态的构型，但是电荷和自旋多重度写0 1，那这时的构型相当于垂直时的基态构型，这时再做td，从输出文件中找到Excited State 1: Triplet-A 2.6936 eV 460.28 nm f=0.0000 |
3楼2009-11-06 12:06:19
谢谢回复，金币已送出！
|
太感谢您了，还是有点不太明白，麻烦您耐心给指导一下： 也就是说第四步应该这样写： # td=(singlets,nstates=3,root=1) b3lyp/6-31+g(d) 0 1 还是应该这样写： # td=(triplets,nstates=3,root=1) b3lyp/6-31+g(d) 0 1 不太明白此时该计算单重态的发射还是三重态的发射？另外还想请教您一下，我在第三步优化时优化了三个三重态，还是只优化了第一个三重态（也即T1态），如果我想知道第二或第三个三重态的能级（也即T2或者T3时），是不是只需要在第四步中将root改为等于2或者3即可呢（当然nstates的值也应该相应地改大点）？ |
4楼2009-11-06 13:10:44
wuy069
铁杆木虫 (正式写手)
- 应助: 20 (小学生)
- 金币: 7921.9
- 散金: 15
- 红花: 10
- 帖子: 506
- 在线: 549.1小时
- 虫号: 760723
- 注册: 2009-04-30
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
★ ★ ★ ★ ★
xtdut(金币+5,VIP+0):非常感谢！另外关于停机后接着继续计算，你有没有什么好的办法？ 11-6 14:21
xtdut(金币+5,VIP+0):非常感谢！另外关于停机后接着继续计算，你有没有什么好的办法？ 11-6 14:21
|
用下面这一种 #p td=(triplets,nstates=15,root=1，direct) b3lyp/6-31+g(d) test 0 1 因为是算三重态，所以命令行写triplets；而用的是基态的构型，所以电荷和自旋多重度写0 1 你第3步优化的是第一个三重态（即T1态），后面说的对的,但要算第二或三激发态的td,你应该优化好了激发态再做td. 如果你研究的分子比较大，建议把nstates写大一些，要不可能会出错 [ Last edited by wuy069 on 2009-11-6 at 14:12 ] |
5楼2009-11-06 14:08:01
wuy069
铁杆木虫 (正式写手)
- 应助: 20 (小学生)
- 金币: 7921.9
- 散金: 15
- 红花: 10
- 帖子: 506
- 在线: 549.1小时
- 虫号: 760723
- 注册: 2009-04-30
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
★ ★ ★ ★ ★
xtdut(金币+5,VIP+0):非常感谢您的回复！您也说了优化可以支持接着算，那能量也可以吗？也可以用restart吗？希望能得到您再次耐心地指点。 11-7 08:17
xtdut(金币+5,VIP+0):非常感谢您的回复！您也说了优化可以支持接着算，那能量也可以吗？也可以用restart吗？希望能得到您再次耐心地指点。 11-7 08:17
|
优化任务接着继续计算： % chk=Yourcheckfilename # B3LYP/6-31G(d) opt=restart Title 0 1 或者 % chk=Yourcheckfilename # B3LYP/6-31G(d) opt geom=check guess=read Title 0 1 如果是频率计算，g09前的版本不支持接着算，g09计算时需要chk文件，命令行要写savenm |
6楼2009-11-06 17:49:37
cjhztt
木虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 3421.6
- 散金: 11
- 红花: 1
- 帖子: 84
- 在线: 43.3小时
- 虫号: 417201
- 注册: 2007-07-01
- 专业: 无机化学
7楼2009-11-08 20:13:07
jiewei
专家顾问 (著名写手)
小才
-
专家经验: +52 - 应助: 60 (初中生)
- 金币: 7815.2
- 散金: 1399
- 红花: 32
- 沙发: 3
- 帖子: 1778
- 在线: 581.4小时
- 虫号: 702271
- 注册: 2009-02-16
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
- 管辖: 量子化学
8楼2009-11-08 23:16:29
wuy069
铁杆木虫 (正式写手)
- 应助: 20 (小学生)
- 金币: 7921.9
- 散金: 15
- 红花: 10
- 帖子: 506
- 在线: 549.1小时
- 虫号: 760723
- 注册: 2009-04-30
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
9楼2009-11-09 09:38:51
|
"要算发射，基于F-C原理，这时用优化好的激发态的构型，但是电荷和自旋多重度写0 1，那这时的构型相当于垂直时的基态构型，这时再做td，从输出文件中找到Excited State 1: Triplet-A 2.6936 eV 460.28 nm f=0.0000 本文来自: 小木虫论坛 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1648347 请教3楼的：用激发态的构型为基态计算发射光谱没错，这时多重度是3啊，为什么还写1呢？请不吝赐教！ |
10楼2010-12-27 12:31:14
5