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雪山飞狐7233

铁杆木虫 (著名写手)

铁杆小虫

[交流] 请各位做过SOE-PCR的各位大侠不吝赐教!!经确认将奖励50金币或更多!

本人想用SOE-PCR的方法扩增一个78bp的基因,设计了三个引物(P1、P2、P3),其中P1、P3是正常的引物,P2的3‘端与P1的3’端 互补,P2的5‘端与P3的3’端互补部分相同。我P出来的结果大小与产物相同,但是我不加P2也能P出结果来,请问这是为什么?
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梦在路就在!
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雪山飞狐7233

铁杆木虫 (著名写手)

铁杆小虫

小木虫里面没有人做这方面的吗?
梦在路就在!
2楼2009-11-06 08:46:43
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gyesang

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amisking(金币+3,VIP+0): 11-10 11:37
雪山飞狐7233(金币+5,VIP+0): 11-20 14:32
本人有做过啊,就是overlapping PCR啊,你引物设计有问题吧,感觉你引物设计的不对,序列就只有78bp,就要做什么啊,定点突变还是缺失突变啊,78bp用不着做PCR啊,直接合成都行。

你确认只是78bp吗?

[ Last edited by gyesang on 2009-11-6 at 09:29 ]
学术问题讨论咨询发邮件gyesang@163.com
3楼2009-11-06 09:16:46
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gyesang

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雪山飞狐7233(金币+5,VIP+0): 11-20 14:33
设计SOEPCR一般是 引物 的5‘端互补,不是3’端互补啊
学术问题讨论咨询发邮件gyesang@163.com
4楼2009-11-06 09:31:47
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scienzyme

铁杆木虫 (著名写手)

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amisking(金币+2,VIP+0): 11-10 11:37
雪山飞狐7233(金币+10,VIP+0): 11-20 14:33
你这个基因才78bp,完全可以直接合成。一般的公司对<=59bp和>=60bp的引物价格是两个档次,如果你嫌贵,可合成两条短于59bp的引物,这两条引物在3'端互补,5'端就是你的基因两端。加入PCR的原料,把这两条引物退火,即可让它们延伸为79bp的全长基因。注意,如果用Taq polymerase,则会多加一个A。
没有必要用三条引物。
5楼2009-11-06 10:31:08
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雪山飞狐7233

铁杆木虫 (著名写手)

铁杆小虫

引用回帖:
Originally posted by gyesang at 2009-11-6 09:16:
本人有做过啊,就是overlapping PCR啊,你引物设计有问题吧,感觉你引物设计的不对,序列就只有78bp,就要做什么啊,定点突变还是缺失突变啊,78bp用不着做PCR啊,直接合成都行。

你确认只是78bp吗?

[ La ...

我是已知一个抗菌肽的氨基酸序列,用酵母偏爱密码子合成了基因序列的,我现在只是想获得全基因,然后进行串联表达。
梦在路就在!
6楼2009-11-06 10:59:55
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gyesang

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雪山飞狐7233(金币+5,VIP+0): 11-20 14:33
引用回帖:
Originally posted by 雪山飞狐7233 at 2009-11-6 10:59:


我是已知一个抗菌肽的氨基酸序列,用酵母偏爱密码子合成了基因序列的,我现在只是想获得全基因,然后进行串联表达。

你描述的不是很清晰,估计没人会该怎么办吧,78bp用3条引物跑,很难想象
学术问题讨论咨询发邮件gyesang@163.com
7楼2009-11-06 15:51:42
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断弦的琴

铁虫 (小有名气)

★ ★ ★ ★ ★
雪山飞狐7233(金币+5,VIP+0): 11-20 14:33
我认为你说的 p1 p3扩出来的仅仅是引物二聚体。
二聚体大小是小于100bp的。
不知道失去了多少以后我们能不再痛苦,不知道偿多少冷暖以后我们能看破生命.
8楼2009-11-10 11:00:04
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