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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 请各位做过SOE-PCR的各位大侠不吝赐教！！经确认将奖励50金币或更多！
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雪山飞狐7233

铁杆木虫 (著名写手)

铁杆小虫

[交流] 请各位做过SOE-PCR的各位大侠不吝赐教！！经确认将奖励50金币或更多！

本人想用SOE-PCR的方法扩增一个78bp的基因，设计了三个引物（P1、P2、P3），其中P1、P3是正常的引物，P2的3‘端与P1的3’端 互补，P2的5‘端与P3的3’端互补部分相同。我P出来的结果大小与产物相同，但是我不加P2也能P出结果来，请问这是为什么？
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梦在路就在！
1楼 2009-11-05 17:01:09
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雪山飞狐7233

铁杆木虫 (著名写手)

铁杆小虫
小木虫里面没有人做这方面的吗？
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梦在路就在！
2楼2009-11-06 08:46:43
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gyesang

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amisking(金币+3,VIP+0): 11-10 11:37
雪山飞狐7233(金币+5,VIP+0): 11-20 14:32
本人有做过啊，就是overlapping PCR啊，你引物设计有问题吧，感觉你引物设计的不对，序列就只有78bp，就要做什么啊，定点突变还是缺失突变啊，78bp用不着做PCR啊，直接合成都行。

你确认只是78bp吗？

[ Last edited by gyesang on 2009-11-6 at 09:29 ]
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3楼2009-11-06 09:16:46
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gyesang

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雪山飞狐7233(金币+5,VIP+0): 11-20 14:33
设计SOEPCR一般是 引物 的5‘端互补，不是3’端互补啊
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4楼2009-11-06 09:31:47
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scienzyme

铁杆木虫 (著名写手)
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amisking(金币+2,VIP+0): 11-10 11:37
雪山飞狐7233(金币+10,VIP+0): 11-20 14:33
你这个基因才78bp，完全可以直接合成。一般的公司对<=59bp和>=60bp的引物价格是两个档次，如果你嫌贵，可合成两条短于59bp的引物，这两条引物在3'端互补，5'端就是你的基因两端。加入PCR的原料，把这两条引物退火，即可让它们延伸为79bp的全长基因。注意，如果用Taq polymerase，则会多加一个A。
没有必要用三条引物。
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5楼2009-11-06 10:31:08
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雪山飞狐7233

铁杆木虫 (著名写手)

铁杆小虫
引用回帖:
Originally posted by gyesang at 2009-11-6 09:16:
本人有做过啊，就是overlapping PCR啊，你引物设计有问题吧，感觉你引物设计的不对，序列就只有78bp，就要做什么啊，定点突变还是缺失突变啊，78bp用不着做PCR啊，直接合成都行。

你确认只是78bp吗？

[ La ...

我是已知一个抗菌肽的氨基酸序列，用酵母偏爱密码子合成了基因序列的，我现在只是想获得全基因，然后进行串联表达。
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梦在路就在！
6楼2009-11-06 10:59:55
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gyesang

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雪山飞狐7233(金币+5,VIP+0): 11-20 14:33
引用回帖:
Originally posted by 雪山飞狐7233 at 2009-11-6 10:59:


我是已知一个抗菌肽的氨基酸序列，用酵母偏爱密码子合成了基因序列的，我现在只是想获得全基因，然后进行串联表达。

你描述的不是很清晰，估计没人会该怎么办吧，78bp用3条引物跑，很难想象
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7楼2009-11-06 15:51:42
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断弦的琴

铁虫 (小有名气)
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雪山飞狐7233(金币+5,VIP+0): 11-20 14:33
我认为你说的 p1 p3扩出来的仅仅是引物二聚体。
二聚体大小是小于100bp的。
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不知道失去了多少以后我们能不再痛苦,不知道偿多少冷暖以后我们能看破生命.
8楼2009-11-10 11:00:04
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