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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » PCR出现了非目的产物
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fanxing001

铜虫 (小有名气)

[交流] PCR出现了非目的产物

各位，我做了一个PCR反应，如图，左边1至4分别为：1、空白对照（未加细菌DNA模板）；2和3都为加入细菌DNA的反应体系；4、marker。我的目的产物是2、3中1500bp的条带（较亮的），为什么包括模板在内的三个PCR反应过程都在100bp（最下面的带）左右出现了一个较暗的带？是引物形成了二聚体导致的吗？另外，3号的亮带（1500bp左右）上下都有一片较亮的地方，这些是不是我的目的产物拖出来的啊？

[ Last edited by amisking on 2009-10-20 at 11:44 ]
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1楼 2009-10-19 23:42:50
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bioxixi

木虫 (著名写手)
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amisking(金币+2,VIP+0): 10-20 11:44
小片段是引物二聚体，至于3号的较亮片段，我认为是你的模板，因为你是用DNA作模板的，提取过程中难以避免有些降解的小些的片段，可以少加点模板，增加循环数会好一点。没有关系，你把PCR产物切胶纯化就可以了
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2楼2009-10-20 10:11:01
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fanxing001

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by bioxixi at 2009-10-20 10:11:
小片段是引物二聚体，至于3号的较亮片段，我认为是你的模板，因为你是用DNA作模板的，提取过程中难以避免有些降解的小些的片段，可以少加点模板，增加循环数会好一点。没有关系，你把PCR产物切胶纯化就可以了

谢谢您的回答。我倒是考虑过引物二聚体，但是引物二聚体最大也应该只有40bp左右，看这条带的位置大约得100bp，这是仅是由于电泳的误差造成的呗？另外，您提到增加循环数，您的意思是进一步提高目的产物的量，进而掩盖住降解的小片段的亮度吗？
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3楼2009-10-20 14:53:03
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zhuifeng7000

至尊木虫 (著名写手)
★
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其实有一些拖尾对于实验没有很大的影响，因为毕竟PCR的目的产物需要纯化回收的，并且PCR的目的产物中也不仅仅是你的目的片段，还有一些像如没有得到完全延伸的片段等。
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4楼2009-10-20 22:51:31
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michaelwuqingyu

金虫 (正式写手)
★
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我可以担保你这种质量的PCR产物即使不纯化直接做克隆都没问题.已经很好了. 下面的确实是引物二聚体,就是那么大.托尾很正常,一点影响都没有. 用热启动酶托尾会少些，但没必要。
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5楼2009-10-20 23:34:33
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yinhuali123

银虫 (小有名气)
★
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这个没事的，有你目的带，去凝胶回收你的片段就行了
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6楼2009-10-25 21:03:39
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zhy0790707

铜虫 (初入文坛)
★
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若是你的图片未做任何特殊处理，这样做的效果很不错了，最下面的是引物二聚体（属正常情况），3号1500处很亮，能看到一点拖尾也很正常，毕竟不能百分之百保证DNA完整，有碎片就有拖尾
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7楼2009-10-27 12:01:26
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