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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】charmm中的RTF与PSF两个力场文件
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clwg

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】charmm中的RTF与PSF两个力场文件

问一个比较愚蠢的问题，请指点。
charmm中的RTF与PSF两个力场文件
是怎么建立的啊。

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-25 at 12:40 ]
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1楼 2009-10-14 22:12:15
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rhyme_xie

木虫 (小有名气)
估计楼主现在应该已经学会了，多上CHARMM论坛看看，那里有很多资料，可以学到很多东西。
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微曦蒸薄露，到晌午，已作云烟。朝夕短，岂容得不休缠绵？
3楼2009-10-15 09:50:48
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
rtf , residue topology file, 之中存储了各种基团的原子电荷和键连信息
是力场的一部分
psf , protein structure file, 之中存储了所要考察的体系的原子电荷和键连信息
是体系结构的一部分

可以根据pdb 和rtf 生成这个体系的psf , 两种方法: 用charmm 或用namd/vmd 的psfgen
pdb + rtf --(charmm,psfgen)--> psf

展开来说问题极多, 可以参考
http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/2.7b1/ug/node16.html
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2楼2009-10-15 08:19:33
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
相对来说,charmm的讨论远少于namd,
namd 就是先前charmm的一位开发者把charmm 代码带到uiuc 改造出来的,
完全兼容charmm, 用namd的方法也可以
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2009-10-15 10:37:10
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