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clwg

金虫 (小有名气)

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[交流] 【求助】charmm中的RTF与PSF两个力场文件

问一个比较愚蠢的问题，请指点。
charmm中的RTF与PSF两个力场文件
是怎么建立的啊。

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-25 at 12:40 ]

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1楼 2009-10-14 22:12:15

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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州

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管辖: 分子模拟

★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流

rtf , residue topology file, 之中存储了各种基团的原子电荷和键连信息
是力场的一部分
psf , protein structure file, 之中存储了所要考察的体系的原子电荷和键连信息
是体系结构的一部分

可以根据pdb 和rtf 生成这个体系的psf , 两种方法: 用charmm 或用namd/vmd 的psfgen
pdb + rtf --(charmm,psfgen)--> psf

展开来说问题极多, 可以参考
http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/2.7b1/ug/node16.html