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【求助】charmm中的RTF与PSF两个力场文件
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问一个比较愚蠢的问题，请指点。 charmm中的RTF与PSF两个力场文件 是怎么建立的啊。 [ Last edited by lei0736 on 2009-11-25 at 12:40 ] |
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bay__gulf
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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
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rtf , residue topology file, 之中存储了各种基团的原子电荷和键连信息 是力场的一部分 psf , protein structure file, 之中存储了所要考察的体系的原子电荷和键连信息 是体系结构的一部分 可以根据pdb 和rtf 生成这个体系的psf , 两种方法: 用charmm 或用namd/vmd 的psfgen pdb + rtf --(charmm,psfgen)--> psf 展开来说问题极多, 可以参考 http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/2.7b1/ug/node16.html |
2楼2009-10-15 08:19:33
rhyme_xie
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3楼2009-10-15 09:50:48
bay__gulf
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4楼2009-10-15 10:37:10