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汕头大学海洋科学接受调剂
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fykxy_206

木虫 (正式写手)

[交流] pcr测序的结果BLAST后没有相似序列??

我用的英文文献上的引物做的PCR,跑出条带后250bp,和文献中的条带大一点,送去测序,测序的结果显示在NCBI中的几个数据库中BLAST没有和我的序列相似的序列,这是为什么呢?我不是很愿意相信我的序列是新序列,谁能帮我分析一下呢?
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fykxy_206

木虫 (正式写手)

怎么没有人知道呢?金币不是问题啊!
2楼2009-10-14 15:44:04
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三磷酸腺苷

铁杆木虫 (职业作家)


fykxy_206(金币+1,VIP+0):有引物序列,我不是很想要新序列! 10-15 08:15
做了克隆再测序的吗?有没有发现引物序列?
3楼2009-10-14 16:21:21
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nnxqwei

至尊木虫 (职业作家)


fykxy_206(金币+1,VIP+0):新序列对我没有多大用,我想要的序列不是那个啊! 10-15 08:16
如果你的测序没问题的话,数据库里没有与你序列相似的,那么有可能你得到是一个新的序列哦。。。
4楼2009-10-15 00:09:49
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fykxy_206

木虫 (正式写手)

继续求助!!
5楼2009-10-15 08:17:54
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独头蒜8779

木虫 (小有名气)


fykxy_206(金币+1,VIP+0):我试过了,只有20多个碱基与数据库的有相似其他的都不相似。 10-15 09:09
可以取你这个片段里的一部分,比如说一个表位,看下数据库里有没有
数据库这东西还是比较死的
但按LZ说的,连相似的序列都没有,那可真要仔细研究研究了
6楼2009-10-15 08:26:48
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paulajjh

木虫 (著名写手)

★ ★
fykxy_206(金币+2,VIP+0):我的测序长度是230左右,只有两断长约20bp的有相似的。其他没有同源性可言。用的是宝生物的Taq酶,经两次测序结果相同。 10-15 09:12
你说的没有和你的一样的序列,那同源性最高的是多少啊?有没可能你的PCR中发生突变,你用的什么酶啊?或者测序结果不可信。最后一种可能你的是新序列。那就恭喜LZ了
7楼2009-10-15 08:39:13
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三磷酸腺苷

铁杆木虫 (职业作家)


fykxy_206(金币+1,VIP+0):是非特异性的扩增?我用引物在BLAST中比对过,特异性很好,只要有就应该是这个基因的一部分吧? 10-15 12:25
如果有引物序列,但引物之间的又不是你要的,答案就是非特异扩增
其实我不大相信文献引物的……还是自己设计的放心
8楼2009-10-15 09:22:43
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bioxixi

木虫 (著名写手)


fykxy_206(金币+1,VIP+0):为什么是扩增的问题?我的复性温度53,应该不会使非特异扩增吧? 10-15 12:26
没有相似的序列?
很奇怪啊 引物有没?
再做一次或另挑一个克隆测序呢
应该是扩增的问题吧
9楼2009-10-15 09:31:02
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fykxy_206

木虫 (正式写手)

扩增的序列比如说是这样的顺序:1234567890和数据库中的序列0987654321比对能显示是100%的相似吗?我的意思是说我测序的顺序如果是反的,那能比对出来吗?
10楼2009-10-15 12:31:48
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