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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » pcr测序的结果BLAST后没有相似序列？？
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fykxy_206

木虫 (正式写手)

[交流] pcr测序的结果BLAST后没有相似序列？？

我用的英文文献上的引物做的PCR，跑出条带后250bp，和文献中的条带大一点，送去测序，测序的结果显示在NCBI中的几个数据库中BLAST没有和我的序列相似的序列，这是为什么呢？我不是很愿意相信我的序列是新序列，谁能帮我分析一下呢？
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1楼 2009-10-14 13:49:35
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fykxy_206

木虫 (正式写手)
怎么没有人知道呢？金币不是问题啊！
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2楼2009-10-14 15:44:04
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三磷酸腺苷

铁杆木虫 (职业作家)
★
fykxy_206(金币+1,VIP+0):有引物序列，我不是很想要新序列！ 10-15 08:15
做了克隆再测序的吗？有没有发现引物序列？
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3楼2009-10-14 16:21:21
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nnxqwei

至尊木虫 (职业作家)
★
fykxy_206(金币+1,VIP+0):新序列对我没有多大用，我想要的序列不是那个啊！ 10-15 08:16
如果你的测序没问题的话，数据库里没有与你序列相似的，那么有可能你得到是一个新的序列哦。。。
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4楼2009-10-15 00:09:49
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fykxy_206

木虫 (正式写手)
继续求助！！
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5楼2009-10-15 08:17:54
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独头蒜8779

木虫 (小有名气)
★
fykxy_206(金币+1,VIP+0):我试过了，只有20多个碱基与数据库的有相似其他的都不相似。 10-15 09:09
可以取你这个片段里的一部分，比如说一个表位，看下数据库里有没有
数据库这东西还是比较死的
但按LZ说的，连相似的序列都没有，那可真要仔细研究研究了
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6楼2009-10-15 08:26:48
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paulajjh

木虫 (著名写手)
★ ★
fykxy_206(金币+2,VIP+0):我的测序长度是230左右，只有两断长约20bp的有相似的。其他没有同源性可言。用的是宝生物的Taq酶，经两次测序结果相同。 10-15 09:12
你说的没有和你的一样的序列，那同源性最高的是多少啊？有没可能你的PCR中发生突变，你用的什么酶啊？或者测序结果不可信。最后一种可能你的是新序列。那就恭喜LZ了
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7楼2009-10-15 08:39:13
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三磷酸腺苷

铁杆木虫 (职业作家)
★
fykxy_206(金币+1,VIP+0):是非特异性的扩增？我用引物在BLAST中比对过，特异性很好，只要有就应该是这个基因的一部分吧？ 10-15 12:25
如果有引物序列，但引物之间的又不是你要的，答案就是非特异扩增
其实我不大相信文献引物的……还是自己设计的放心
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8楼2009-10-15 09:22:43
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bioxixi

木虫 (著名写手)
★
fykxy_206(金币+1,VIP+0):为什么是扩增的问题？我的复性温度53，应该不会使非特异扩增吧？ 10-15 12:26
没有相似的序列?
很奇怪啊 引物有没？
再做一次或另挑一个克隆测序呢
应该是扩增的问题吧
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9楼2009-10-15 09:31:02
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fykxy_206

木虫 (正式写手)
扩增的序列比如说是这样的顺序：1234567890和数据库中的序列0987654321比对能显示是100%的相似吗？我的意思是说我测序的顺序如果是反的，那能比对出来吗？
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10楼2009-10-15 12:31:48
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