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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » pcr测序的结果BLAST后没有相似序列？？
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oyjenvol

金虫 (小有名气)
★
fykxy_206(金币+1,VIP+0):谢谢 10-15 13:48
大小不一致是很有可能，有的时候由于物种居群的差异会造成内含子部分的INDEL。而至于没有相似序列的话，这个很难说，最好重复一下，
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我思故我存在！
11楼2009-10-15 12:35:34
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gyesang

荣誉版主 (著名写手)

优秀版主优秀版主
★
fykxy_206(金币+1,VIP+0):我用的是基因组DNA，使用试剂盒提取的，跑的电泳也很清晰 10-15 13:49
你是用blast搜索的，所以序列的正反是无所谓了。
楼主你用什么模板跑的啊，测序后有没有引物？
现在不知道你用什么模板扩增的，基因组DNA，抑或是cDNA？非特异扩增的可能性比较大
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学术问题讨论咨询发邮件gyesang@163.com
12楼2009-10-15 13:43:44
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bioxixi

木虫 (著名写手)
★
fykxy_206(金币+1,VIP+0):那你说这个PCR过程中有可能污染吗？污染后扩的这些条带？ 10-15 13:51
引用回帖:
Originally posted by fykxy_206 at 2009-10-15 12:31:
扩增的序列比如说是这样的顺序：1234567890和数据库中的序列0987654321比对能显示是100%的相似吗？我的意思是说我测序的顺序如果是反的，那能比对出来吗？

能比对出来，BLAST很强大
我是这样认为的，数据库中的序列是很全的，包括了基因组测序等等序列，很少说你用比对过的引物扩出一个未知的片段吧，所以很可能是非特异性扩增。53确实不高哦，提高下退火温度试试，尤其是你的引物特异性这么好为什么不把温度设高一点儿呢
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13楼2009-10-15 13:45:05
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tsingtao2008

木虫 (著名写手)

地球村村民
★
fykxy_206(金币+1,VIP+0):试过了，还是没有！ 10-15 14:16
引用回帖:
Originally posted by fykxy_206 at 2009-10-15 12:31:
扩增的序列比如说是这样的顺序：1234567890和数据库中的序列0987654321比对能显示是100%的相似吗？我的意思是说我测序的顺序如果是反的，那能比对出来吗？

你用反向互补序列试试。
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钱要流动，人要走动
14楼2009-10-15 13:54:02
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yidaqunyan

木虫 (正式写手)

博士
★
fykxy_206(金币+1,VIP+0):我在在BLAST中都没有比对着相似，何况是目的基因 10-15 14:17
和文献中的目的片段，基因进行比对，看相似程度
也有可能是假阳性，不知道你的PCR电泳清晰不。。即使是只有一个条带也不能说扩增结果就是你的目的条带
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不孝有三，读博为大！
15楼2009-10-15 14:06:08
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bioxixi

木虫 (著名写手)
★
fykxy_206(金币+1,VIP+0):从哪一步重做？提DNA，还是养菌？还是PCR？我现在很迷茫，做了很多，就是没有结果！ 10-15 14:19
不好说是不是污染，污染本来应该是你做实验时可以控制的。我只能说有这种可能，可是你实验出现这个问题，没法分析出一个确切的原因。
我的建议就是重新做一遍，即使是个新序列也需要验证一下不是吗
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16楼2009-10-15 14:14:29
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bioxixi

木虫 (著名写手)
★
fykxy_206(金币+1,VIP+0):我的意图是想在菌中筛选这个基因，从N多菌中P出来几条目的条带，大小差不多，测序的结果就出现这种情况。 10-15 15:57
DNA模板？
那可能没有污染，因为基因组DNA做模板很难正好扩增出你要的片段，这点我深有体会，但是我也解决不了这个问题
你是想拿到某个基因的基因组序列？
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17楼2009-10-15 14:28:05
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fykxy_206

木虫 (正式写手)
我就是想在真菌中筛选一株有某个基因的菌，我用的引物就是这个基因的高特异性引物。

我的实验过程是 从植物组织分离真菌，纯化，提DNA，PCR，电泳，测序，结果就这样啦！   郁闷中………………
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18楼2009-10-15 16:04:16
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tsingtao2008

木虫 (著名写手)

地球村村民
★
fykxy_206(金币+1,VIP+0):关键是我现在手里没有现成的模板。 10-17 07:04
我看你不必分离真菌,多设计几对引物直接提取模板试试
如果有对头的产物, 再指导分离真菌

[ Last edited by tsingtao2008 on 2009-10-16 at 15:06 ]
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钱要流动，人要走动
19楼2009-10-16 14:12:57
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ybfat

新虫 (初入文坛)
★
fykxy_206(金币+1,VIP+0):谢谢支持 10-17 07:05
l楼主问的好
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20楼2009-10-16 19:49:47
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