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oyjenvol

金虫 (小有名气)


fykxy_206(金币+1,VIP+0):谢谢 10-15 13:48
大小不一致是很有可能,有的时候由于物种居群的差异会造成内含子部分的INDEL。而至于没有相似序列的话,这个很难说,最好重复一下,
我思故我存在!
11楼2009-10-15 12:35:34
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gyesang

荣誉版主 (著名写手)

优秀版主优秀版主


fykxy_206(金币+1,VIP+0):我用的是基因组DNA,使用试剂盒提取的,跑的电泳也很清晰 10-15 13:49
你是用blast搜索的,所以序列的正反是无所谓了。
楼主你用什么模板跑的啊,测序后有没有引物?
现在不知道你用什么模板扩增的,基因组DNA,抑或是cDNA?非特异扩增的可能性比较大
学术问题讨论咨询发邮件gyesang@163.com
12楼2009-10-15 13:43:44
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bioxixi

木虫 (著名写手)


fykxy_206(金币+1,VIP+0):那你说这个PCR过程中有可能污染吗?污染后扩的这些条带? 10-15 13:51
引用回帖:
Originally posted by fykxy_206 at 2009-10-15 12:31:
扩增的序列比如说是这样的顺序:1234567890和数据库中的序列0987654321比对能显示是100%的相似吗?我的意思是说我测序的顺序如果是反的,那能比对出来吗?

能比对出来,BLAST很强大
我是这样认为的,数据库中的序列是很全的,包括了基因组测序等等序列,很少说你用比对过的引物扩出一个未知的片段吧,所以很可能是非特异性扩增。53确实不高哦,提高下退火温度试试,尤其是你的引物特异性这么好为什么不把温度设高一点儿呢
13楼2009-10-15 13:45:05
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tsingtao2008

木虫 (著名写手)

地球村村民


fykxy_206(金币+1,VIP+0):试过了,还是没有! 10-15 14:16
引用回帖:
Originally posted by fykxy_206 at 2009-10-15 12:31:
扩增的序列比如说是这样的顺序:1234567890和数据库中的序列0987654321比对能显示是100%的相似吗?我的意思是说我测序的顺序如果是反的,那能比对出来吗?

你用反向互补序列试试。
钱要流动,人要走动
14楼2009-10-15 13:54:02
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yidaqunyan

木虫 (正式写手)

博士


fykxy_206(金币+1,VIP+0):我在在BLAST中都没有比对着相似,何况是目的基因 10-15 14:17
和文献中的目的片段,基因进行比对,看相似程度
也有可能是假阳性,不知道你的PCR电泳清晰不。。即使是只有一个条带也不能说扩增结果就是你的目的条带
不孝有三,读博为大!
15楼2009-10-15 14:06:08
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bioxixi

木虫 (著名写手)


fykxy_206(金币+1,VIP+0):从哪一步重做?提DNA,还是养菌?还是PCR?我现在很迷茫,做了很多,就是没有结果! 10-15 14:19
不好说是不是污染,污染本来应该是你做实验时可以控制的。我只能说有这种可能,可是你实验出现这个问题,没法分析出一个确切的原因。
我的建议就是重新做一遍,即使是个新序列也需要验证一下不是吗
16楼2009-10-15 14:14:29
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bioxixi

木虫 (著名写手)


fykxy_206(金币+1,VIP+0):我的意图是想在菌中筛选这个基因,从N多菌中P出来几条目的条带,大小差不多,测序的结果就出现这种情况。 10-15 15:57
DNA模板?
那可能没有污染,因为基因组DNA做模板很难正好扩增出你要的片段,这点我深有体会,但是我也解决不了这个问题
你是想拿到某个基因的基因组序列?
17楼2009-10-15 14:28:05
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fykxy_206

木虫 (正式写手)

我就是想在真菌中筛选一株有某个基因的菌,我用的引物就是这个基因的高特异性引物。

我的实验过程是 从植物组织分离真菌,纯化,提DNA,PCR,电泳,测序,结果就这样啦!   郁闷中………………
18楼2009-10-15 16:04:16
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tsingtao2008

木虫 (著名写手)

地球村村民


fykxy_206(金币+1,VIP+0):关键是我现在手里没有现成的模板。 10-17 07:04
我看你不必分离真菌,多设计几对引物直接提取模板试试
如果有对头的产物, 再指导分离真菌

[ Last edited by tsingtao2008 on 2009-10-16 at 15:06 ]
钱要流动,人要走动
19楼2009-10-16 14:12:57
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ybfat

新虫 (初入文坛)


fykxy_206(金币+1,VIP+0):谢谢支持 10-17 07:05
l楼主问的好
20楼2009-10-16 19:49:47
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