24小时热门版块排行榜    

查看: 863  |  回复: 11
当前主题已经存档。

Jacksky

铁杆木虫 (著名写手)

[交流] 【求助】10金币求助Autodock对接问题

本人做完Grid后,开始做dock时出现以下问题,请高手帮忙,谢谢!

DPF> ga_run 10                            # do this many hybrid GA-LS runs

Number of requested LGA dockings = 10 runs


        BEGINNING LAMARCKIAN GENETIC ALGORITHM DOCKING

Run:        1 / 10
Date:        Wed Sep 30 15:09:43 2009
Output level is set to 1.


Creating an initial population of 150 individuals.

Assigning a random translation, a random orientation and 10 random torsions to each of the 150 individuals.

Beginning Lamarckian Genetic Algorithm (LGA), with a maximum of 2500000
energy evaluations.

Generation: 100   Oldest's energy: -9.042    Lowest energy: -9.042    Num.evals.: 117704   Timing: Real= 0.03s,  CPU= 0.03s,  System= 0.00s
Generation: 200   Oldest's energy: -9.048    Lowest energy: -9.048    Num.evals.: 228286   Timing: Real= 0.03s,  CPU= 0.03s,  System= 0.00s
Generation: 300   Oldest's energy: -9.229    Lowest energy: -9.229    Num.evals.: 347286   Timing: Real= 0.03s,  CPU= 0.03s,  System= 0.00s
Generation: 400   Oldest's energy: -9.348    Lowest energy: -9.348    Num.evals.: 461813   Timing: Real= 0.03s,  CPU= 0.03s,  System= 0.00s
Generation: 500   Oldest's energy: -2240384.514    Lowest energy: -2240384.514    Num.evals.: 580399   Timing: Real= 0.02s,  CPU= 0.02s,  System= 0.00s
Generation: 600   Oldest's energy: -3613284.565    Lowest energy: -3613284.565    Num.evals.: 663083   Timing: Real= 0.03s,  CPU= 0.03s,  System= 0.00s
Generation: 700   Oldest's energy: -3650508.687    Lowest energy: -3650508.687    Num.evals.: 737922   Timing: Real= 0.03s,  CPU= 0.03s,  System= 0.00s
Generation: 800   Oldest's energy: -3660401.812    Lowest energy: -3660401.812    Num.evals.: 817565   Timing: Real= 0.02s,  CPU= 0.02s,  System= 0.00s
eval.cc:  ERROR!  energy is infinite!


[ Last edited by lei0736 on 2009-11-24 at 21:23 ]
回复此楼

» 猜你喜欢

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
yjcmwgk(金币+2,VIP+0): 10-1 11:17
yjcmwgk(金币+10,VIP+0):Jacksky送给你的金币 10-1 11:19
1.首先你这是autodock的问题,请修改你的题目,有歧义的
2.出现这种情况十有八九是对接的受体配体分子的初始构象有问题,重新做一下吧
个人博客:[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]
2楼2009-09-30 23:07:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Jacksky

铁杆木虫 (著名写手)

--deleted--

[ Last edited by yjcmwgk on 2009-10-1 at 19:41 ]
3楼2009-10-01 07:55:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tjegg

铁杆木虫 (著名写手)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
yjcmwgk(金币+1,VIP+0):经私下PM,Jacksky虫友并非故意捣乱,只是误会!纯属误会!特此声明,并删除一些误会的言论,请tjegg谅解 10-1 19:43
--deleted--

[ Last edited by yjcmwgk on 2009-10-1 at 19:41 ]
除了你的亲人,没有人应该对你好,对你好的人,一定要珍惜。
4楼2009-10-01 09:04:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
--deleted--

[ Last edited by yjcmwgk on 2009-10-1 at 19:40 ]
5楼2009-10-01 11:18:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Jacksky

铁杆木虫 (著名写手)

--deleted--

[ Last edited by yjcmwgk on 2009-10-1 at 19:41 ]
6楼2009-10-01 19:32:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
经私下PM,Jacksky虫友并非故意捣乱,只是误会!纯属误会!特此声明,并删除一些误会的言论,请tjegg谅解

[ Last edited by yjcmwgk on 2009-10-1 at 19:45 ]
7楼2009-10-01 19:43:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tjegg

铁杆木虫 (著名写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
yjcmwgk(金币+0,VIP+0):如果我凭空给你10金币,我会被某斑竹的马甲投诉的,至于是哪个斑竹嘛……嘿嘿 10-1 22:37
如果再给我10金币,我更加谅解.呵呵.
除了你的亲人,没有人应该对你好,对你好的人,一定要珍惜。
8楼2009-10-01 21:46:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tjegg

铁杆木虫 (著名写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
yjcmwgk(金币+0,VIP+0):如果我凭空给你10金币,我会被某斑竹的马甲投诉的,至于是哪个斑竹嘛……嘿嘿 10-1 22:37

恩,我现在开始怀疑楼主就是你的马甲, 和lz一个风格, 舍不得花钱, 还找一堆理由.

话说回来了,问问题,不花钱,谁理你?呵呵.
除了你的亲人,没有人应该对你好,对你好的人,一定要珍惜。
9楼2009-10-02 00:26:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
--deleted--

[ Last edited by yjcmwgk on 2009-10-3 at 15:11 ]
10楼2009-10-02 22:08:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 Jacksky 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 286求调剂 +10 Faune 2026-03-21 10/500 2026-03-21 23:34 by 314126402
[考研] 一志愿西安交通大学材料工程专业 282分求调剂 +10 枫桥ZL 2026-03-18 12/600 2026-03-21 22:02 by peike
[考研] 0703化学297求调剂 +3 Daisy☆ 2026-03-20 3/150 2026-03-21 17:45 by ColorlessPI
[考研] 材料 271求调剂 +5 展信悦_ 2026-03-21 5/250 2026-03-21 17:29 by 学员8dgXkO
[考研] 299求调剂 +4 某某某某位 2026-03-21 4/200 2026-03-21 16:30 by barlinike
[考研] 0805材料320求调剂 +3 深海物语 2026-03-20 3/150 2026-03-21 15:46 by 无际的草原
[考研] 279分求调剂 一志愿211 +14 chaojifeixia 2026-03-19 15/750 2026-03-21 13:24 by zhukairuo
[考研] 初始318分求调剂(有工作经验) +3 1911236844 2026-03-17 3/150 2026-03-21 02:33 by JourneyLucky
[考研] 华东师范大学-071000生物学-293分-求调剂 +3 研究生何瑶明 2026-03-18 3/150 2026-03-21 01:30 by JourneyLucky
[考研] 一志愿南昌大学,327分,材料与化工085600 +9 Ncdx123456 2026-03-19 9/450 2026-03-20 23:41 by lovewei0727
[考研] 321求调剂 +9 何润采123 2026-03-18 11/550 2026-03-20 23:19 by JourneyLucky
[考研] 一志愿中海洋材料工程专硕330分求调剂 +8 小材化本科 2026-03-18 8/400 2026-03-20 23:16 by JourneyLucky
[考研] 一志愿中南化学(0703)总分337求调剂 +8 niko- 2026-03-19 9/450 2026-03-20 21:57 by luoyongfeng
[考研] 289求调剂 +6 怀瑾握瑜l 2026-03-20 6/300 2026-03-20 20:30 by 学员8dgXkO
[考研] 一志愿西安交通大学 学硕 354求调剂211或者双一流 +3 我想要读研究生 2026-03-20 3/150 2026-03-20 20:13 by JourneyLucky
[考研] 298-一志愿中国农业大学-求调剂 +9 手机用户 2026-03-17 9/450 2026-03-20 14:24 by 无懈可击111
[考博] 申博26年 +3 八6八68 2026-03-19 3/150 2026-03-19 19:43 by nxgogo
[考研] 293求调剂 +11 zjl的号 2026-03-16 16/800 2026-03-18 08:10 by zhukairuo
[考研] 材料工程专硕274一志愿211求调剂 +6 薛云鹏 2026-03-15 6/300 2026-03-17 11:05 by 学员h26Tkc
[考研] 东南大学364求调剂 +5 JasonYuiui 2026-03-15 5/250 2026-03-16 21:28 by 木瓜膏
信息提示
请填处理意见